BoxCox变换对数量性状基因座位检测效率的影响.pdfVIP

第 34卷 第 3期 南京林业大学学报 (自然科学版) Vo1．34，No．3 2010年 5月 JournalofNanjingForestryUniversity(NaturalScienceEdition) May，2010 BoxCox变换对数量性状基因座位检测效率的影响 尹佟 明 (江苏省杨树种质创新与品种改 良重点实验室，南京林业大学林木遗传与生物技术 省部共建重点实验室，江苏 南京 210037) 摘要：数量基因位点(quantitativetraitloci，QTL)分析是利用 图位法克隆控制数量性状主效基因 的前提和基础。采用 BoxCox公式进行数据正态转换对提高 QTL分析效率有显著作用。笔者 以 杨树为实例显示 了BoxCox公式在数据正态转变 中的应用及数量性状表型分布对 QTL分析的影 响。结果发现，数据是否符合正态分布对发现控制数量性状的基因位点有显著影响。如果不对 性状的表型值进行分布检测并进行正态转变，可能无法发现某些有显著效应的遗传位点。通过 比对转化前后QTL分析的LOD值变化曲线得知，曲线变化的趋势在转化前后是一致的，曲线上 各个小峰的位置也是稳定的，但转化后 LOD峰值显著提高。如第4染色体上，转化前后 LOD值 变化曲线上在40—60、80～100及 130～150cm 区间均有3个独立峰值 出现，数据转化后对应峰 值升高，其中第 1个峰的峰值约增加3倍，数据转化后该峰值 LOD支持度达到了极显著水平 ，显 示该位置存在一个控制该性状的较强的遗传位点。第8染色体上也出现相似的情况。 关键词 ：BoxCox变换 ；数量性状基 因座位；图位克隆 中图分类号：$722 文献标志码 ：A 文章编号：1000—2006(2010)03—0035—04 EffectofBoxCoxtransformationon quantitativetraitlocidetection YIN Tong-ming (JiangsuKeyLaboratoryforPoplarGermplasmEnhancementandVarietyImprovement，KeyLaboratoryofForestGenetics andBioteehnologyMinistryofEducation，NamingForestryUniversity，Nanjing210037，China) Abstract：Quantitativetraitloci(QTL)analysisisthepreconditionandbasisforpositionalcloningofmajorgenesunder— lyingquna titativetraits．NormalitytransformationofqunatitativetraitdatausingBoxCoxformulahas significnateffecton QTLdetection．Inthispaper，aeasestudyonpoplraiscarriedouttodemonstratetheapplicationofBoxCoxformulaofr normalitytrnasfomrationandtheeffectofdatadistributiononQTLanalysis．Theresultsraeasfollowings：QTLdetectionis significantlyaffectedbythedatadistribution．Withoutnormalitytrnasformation，somesingificantQTLsmaybemissed． SimilarvariationtrendsareobservedontheheatplotsofLOD scoresnadLOD peaksraefoundtoappera inthes