念珠菌等酵母菌的分类鉴定.pptVIP

自动DNA序列测序仪测出的DNA序列图谱 匹配排列(align)之前的一组18S rDNA序列 匹配排列(align)之后的同一组18S rDNA序列 系统树构建、检验和显示 分析方法 Distance methods (距离法) UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means) Fitch-Margoliash Neighbor-joining Discrete character methods (独立元素法) Parsimony Maximum likelihood 常用软件 Phylip (免费软件包/phylip.html) PAUP* (/PAUP) Clustal X (内含Neighbor-joining分析程序) 检验方法 Bootstrapping 系统树显示(常用软件) N-J Plot (免费软件 http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html) TreeView (免费软件 http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html) 系统发育关系分析与分类群界定 Monophyletic groups (单源类群)：来源于同一个祖先。 Paraphyletic groups (近源类群)：只包含部分来源于同 一个祖先的后代。 Polyphyletic groups (异源类群)：来源于一个以上的祖先。 子囊菌酵母的系统学地位及与其他子囊菌的亲缘关系 * From Berbee Taylor, 1999 基于rRNA基因序列分析的酵母菌物种鉴别 rDNA sequencing 500-600 bp 500-600 bp D1/D2 或 ITS 序列种内碱基差异: 1% (5-6 bases) SSU 5.8S ITS2 LSU ITS1 (D1/D2) 几乎所有已知酵母菌种模式菌株的26S rDNA D1/D2区和大多数种模式菌株的ITS序列已经被测定和公布，使酵母菌的分类鉴定更加快捷和准确。 Strain CY-01 26S rDNA D1/D2 Domain Sequence (partial) BLAST：Identities = 100% BLAST: Identities = 93% 念珠菌的分类 Candida Berkhout 细胞球形, 椭园型, 卵形, 柱形或长形, 罕见尖顶形, 三角形, 梭形或瓶形；假菌丝和分隔菌丝可产生，节孢子和掷孢子不产生。 无性繁殖方式为全壁芽殖型的多边芽殖。 细胞壁在透射电镜(TEM)下为双层结构。 类淀粉化合物不存在。DBB反应阴性。 细胞壁水解液中不存在木糖, 鼠李糖和岩藻糖。 163种 in The Yeasts, a Taxonomic Study, 4th edn.,1998 常见临床念珠菌的鉴定 常见致病念珠菌种类 C. albicans C. dubliniensis C. glabrata C. guilliermondii C. krusei C. lusitaniae C. parapsilosis C. pseudotropicalis C. rugosa C. stellatoidea C. tropicalis 感染类型 鹅口疮(thrush) 关节炎(arthritis) 骨髓炎(osteomyelitis) 心内膜炎(endocarditis) 内眼炎(endophthalmitis) 脑膜炎(meningitis) 真菌血症(candidemia) 念珠菌感染的变化趋势 念珠菌血液感染(Candidemia)致病菌 1960s – 1970s, C. albicans, 85-90% 1988 – 1992, C. albicans, 42% C. tropicalis, 18% C. parapsilosis, 17% C. glabrata, 11% C. krusei, 4% Data from Abi-Said, D. et al., 1997 API 20C AUX C. albicans 的鉴定 厚垣孢子 芽管 Candida albicans； Candida tropicalis； Candida krusei 灵敏度和特异性 90-95% 其他种灵敏度和特异性低 Odds, F.C. Bernaerts, R, 1994 CHROMagar Ca