基于多Agent的生物信息数据整合系统2BioAgent1.PDF

第 1期 电 子 学 报 Vol.33 No. 1 2005 年 1月 ACTA ELECTRONICA SINICA Jan. 2005 基于多Agent 的生物信息数据整合系统2BioAgent1 1 1 2 2 1 庄永龙 , 马 飞, 周 敏 , 沈 岩 , 李衍达 ( 11 清华大学生物信息学研究所 教育部生物信息学重点实验室, 北京 100084 21 国协和医科大学基础医学院 100005,国家人类基因组研究 心 100176) : 随着人类基因组计划的实施,生命科学研究已进入后基因组时代. 人们基于指数形式增长的核酸、蛋白 质序列和结构等数据,开发了数百种不同类型的数据库. 由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异, 给研究者对它 们的整合应用造成了一定的难度.本文建立了一个基于多Agent 的生物信息数据整合系统2BioAgent, 通过信息采集A2 gent、信息整合Agent、用户Agent 的协调,完成数据抽取、数据标准化、数据存储、数据融合、Web 显示等工作流程, 以实 现数据整合的自动化. 同时利用 BioAgent 系统, 开发了人类精神分裂症相关基因的突变信息多层次定位数据库. : 生物信息学; 数据整合; XML; 多Agent : Q811. 4 : A : 037222112 (2005)05 BioAgent : a Biological Data Integration Syste m Bas ed on Multi2Agent 1 1 2 2 1 ZH ANGYong2long ,MA Fei ,ZHO Min ,SHEN Yan ,LIYan2da ( 11Institute of Bioinformatics of Tsinghua Univer sity , The Key Laboratory of Bioinformati cs of Ministry of Education , Beijing 100084, China ; 21Institute of Basic Medi ca Sciences, ChineseAcademy of Medica Sciences , Beijing 100005, China Chinese Nationa Human Genome Center , Beijing 100176, China ) Ab stract : With the exponential growth of biological data,there exist several challenges to effectivelyusingsuch information for further research. Biological data are often complex,heterogeneous,hierarchical and dynamic, and mayneedtobeintegrated.We devel2 oped a software system, namely BioAgent, ba