植物内生固氮菌系统发育进化新进展.PDFVIP

微生物学通报 Jan. 20, 2018, 45(1): 181−190 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.170233 专论与综述 植物内生固氮菌系统发育进化新进展 1 1 1 1 2* 黄淑芬 郜晨 刘丽辉 谭志远 彭桂香 (1. 华南农业大学农学院 广东 广州 510642) (2. 华南农业大学资源环境学院 广东 广州 510642) 摘 要：在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中，常用的方法有形态学与蛋白质水平法、 数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键 技术，并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后，随着高通量 DNA 测序技术 在微生物学领域应用的迅速发展，全基因组测序被应用到微生物系统发育进化研究中，然而目 前并未发现对已测全基因组序列的植物内生固氮菌进行系统总结。本文在对已测序植物内生固 氮菌进行归纳的基础上，又详细研究了基于基因组数据的几种具有代表性的新方法(ANI 分析 法、最大唯一匹配指数法、核心基因组分析、组分矢量法、基因流动性分析) ，并结合目前系 统发育进化研究常用方法，对植物内生固氮菌系统发育进化研究趋势进行总结和展望，旨在使 植物内生固氮菌的系统发育进化关系研究在精确度、可靠性等方面有所突破。 关键词：内生固氮菌，系统发育进化，高通量测序，基因组分析方法 Research methods and trend of phylogenetic evolution of endophytic diazotrophs HUANG Shu-Fen1 GAO Chen1 LIU Li-Hui 1 TAN Zhi-Yuan 1 PENG Gui-Xiang2* (1. College of Agriculture, South China Agricultural University, Guangzhou, Guangdong 510642, China) (2. College of Resources and Environment, South China Agricultural University, Guangzhou, Guangdong 510642, China) Abstract: To study phylogenetic relationships of endophytic nitrogen fixing bacteria in plants, common methods include morphology and protein level identification, numerical classification and automatic identification, chemical classification and identification, and molecular genetic identification. This paper introduces the key techniques of common methods, and d