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序列对比文件中SNP/InDel位点的提取 /content/410/index.shtml BioEDIT提取序列 该序列保存后不能被DNAsp软件打开 保存格式为：fst,fsa 将文件保存为.phy后能被dnasp识别 该格式的文件同样能被TASSEL识别 用dnasp浏览数据 这里有个很明显的indel位点 TASSEL能发现该位点 Indel提取的结果 输出indel位点 发现SNP位点 * DNASP能打开的序列文件格式： fasta:.fas,.meg,.nbr,.pir,.nex,.phy(同样为fasta格式但文件后缀不一样，不能被DNASP软件识别) 不过对比的序列中不能包含除AGCT及-以外的字符，如果有这些字符，该软件也不能识别。而Bioedit没那么讲究它能识别。为什么会出现其它的字符？比如A/T可能表示成S，或W之类的。但这东西TASSEL也是能分析的 用dnasp软件分析的结果：无多态性，它不能识别 Indel位点，只能分析SNP位点 用这个工具 下面是结果。不过这里site有点问题 Indel的位置应在81的地方，有两个序列有插入它这是162，为81*2 用TASSEL显示indel位点 上篇说用这个小东西 其实是不对的，正确的应如下操作 先点击要分析的序列文件， 这里的文件是：lrc3,这时面板应是像下面这样的，如果不是这个面板，可以点下Data，回到这里 上面面板中的sites工具可以用来发现indel位点， 点击后如右图，其中有个：extract indels,把它 勾上就可以了 上一步分析后 在polymorphisms 下会出现Indels, 点击后可以看到右 边的结果。这种 显示是将不同的 Indels用不同的 数字来表示。我 观察了下：0表示 未缺失位点，其它 数字表示不同的 缺失，具体的 缺失位置及序列 得回到序列比对 文件中去看 上步分析过后点击result会出现如下界面 再点Table会出现右边的菜单，可以从这里将数据导出进行进一步编辑 *