杉木转录组ssr挖掘及est-ssr标记规模化开发-林业科学.pdfVIP

第 5 1 卷 第 11 期 林 业 科 学 Vol. 5 1 ，No. 11 2 0 1 5 年 11 月 SCIENTIA SILVAE SINICAE Nov ． ，2 0 1 5 doi :10 ．11707 / j ．100 1-7488 ．20 15 1106 杉木转录组 SSＲ 挖掘及 EST-SSＲ 标记规模化 开发 文亚 峰1 韩文军2 周 宏3 徐 刚标2 (1． 中南 林业科 技大 学风 景 园林学 院 长 沙 4 10004 ; 2 ． 中南 林业科 技大 学林学 院 长 沙 4 10004 ; 3 ． 广 东省韶 关 市 林业 局 韶 关 5 12000 ) : 【 】 SSＲ 、 ， 摘 要 目的 为解 决杉 木 标 记 数量 不足 已开发的位 点多态性较 差 等 问题 以杉 木 转 录 组测序 数据 为基 ， PCＲ SSＲ ， EST -SSＲ ， 。 【 】 础 结合 多重 技术 批 量 挖掘 规 模 化 开发 位 点 为 杉 木 分 子 遗 传 学 研究奠定 良好 基 础 方 法 杉 木 转 录 组序 列 数据 (Accession : SＲX 15 1872 ) 从 NCBI 的 SＲA 数 据 库 下 载 。利 用 CLC 和 CMiB 软 件 批 量 挖 掘 SSＲ ; PCＲ (multiplex-PCＲ) SSＲ 。 【 】 位 点 利 用 四色 荧 光 标 记 通 用 引物多重 技术 实现 标 记 的规 模 化 开发 结 果 杉 木 转 录 de novo assembly 35 633 contigs ， 3 1. 5 Mb ， 155 bp ， 23 794 bp ， 组 序 列拼 接 共 得 到 个 总长 度 其中最小 拼 接 长 度 最 大 884 bp 。 2 156 SSＲ ， 1 822 contigs ， 256 contigs 1 SSＲ 平 均 长 度 得 到 个 位 点 分布于 个 中 其中 个 中包 含 个以 上 位 ， SSＲ 118 ，SSＲ 68. 4 / Mb 。 SSＲ (motif) ， SSＲ 点 复合 型 数量 为 个