狂犬病毒鹿源野毒株8202株全基因组测序研究.pdfVIP

经济动榜传染瘸 3讨论 本次研究测定了广西17株狂犬病毒NS基因序列，并将它们的核苷酸序列及推导的氨 基酸序列同本实验室以前测定的毒株和世界各地已经公开发表的一些毒株序列进行比较。 这11株病毒的NS基因编码区核苷酸及推导的氨基酸序列同源性很高，分别在96．9*／0-99．8％ 和97．7％-99．3％之间，；它们与其它6株病毒的NS基因编码区核苷酸与推导的氨基酸的同源 酸和推导的氨基酸同源性分别在97．4．99．7％与97．3．99．3％之间。而GXNl19这个毒株相对来 说与其它毒株的同源性都较低，分别在85．1．86．9％与89．9．92．3％之间。广西各毒株与ERA、 核苷酸及推导的氨基酸同源性在79．8．86．9％与84．6．90．9％之间。GXNl19毒株与其它毒株的 同源性较低，它的NS基因推导的氨基酸与其它毒株的同源性分别在85．8．86．9％与89．9．92．3 GXBM、GXPX、GX074这5株则分属于II群，GXNll9株单独属于ⅡI群。 本研究也测定了广西狂犬病毒M基因序列，并将它们的核苷酸序列及推导的氨基酸序 列同世界各地发表的一些毒株序列进行比较。17株广西狂犬病毒中，GXHX、GX08、GX014、 区核苷酸及推导的氨基酸序列同源性很高，分别在96．6．100．0％与97．O．99．5％之间；这1l 株与其它6株的M基因编码区核苷酸及推导的氨基酸序列同源性最高为913％与98．5％。 酸和推导的氨基酸同源性分别在98．4．99．8％与99．0．99．5％之间。而GXNll9这个毒株相对 来说与其它毒株的同源性都较低，它的M基因编码区核苷酸及氨基酸与其它毒株的同源性 根据M基因核苷酸序列，采用聚类分析法，构建狂犬病毒的M基因遗传进化树。广西 属于II群，GXrNll9单独分属ⅡI群从整体上看，M基因比NS基因的同源性更高，这说明M 基因的保守性相对要高。 狂犬病毒鹿源野毒株(8202株)全基因组测序 钱爱东 赵云蛟 (吉林农业大学动物科技学院，吉林长春，130118) 摘要：本研究主要采取RT-PCR产物克隆的方法，对狂犬病毒鹿源野毒株进行全基因组扩增克隆和测序， 证后，用分子生物学软件进行序列的拼接和注释，得到了该狂犬病野毒株的全基因组序列，全基因组序列 长11863bp． 狂犬病广泛流行于世界各地，目前约有90多个国家和地区流行此病，但地球的很多地 区缺乏可靠的有关狂犬病的数据，致使难以评估它对人类和动物健康的全面影响【1】。目前， 在中国发现的宿主动物有犬、狼、狐狸、猪、猫、鼠等动物，由于中国尚未系统地开展狂犬 病的流行病学与病原学研究，尤其是野生动物狂犬病的流行病学调查研究不够，现在还不清 楚狂犬病宿主动物的种类到底有多少。 国内外在分子水平上已经对狂犬病毒的生物学特性进行了很深入的研究，对于狂犬病毒 基因组的结构和主要的功能位点已经明确，但更多的证据表明，不仅固定毒和街毒之间存在 着核苷酸的变异，自然界中的街毒毒株之间在致病性和抗原性上也存在着差异。1988年法 -614- 第六届理事会第二次会j缱薮擘专城委员会2006年会议论文集 全基因序列测总2捌。根据NCBI检索，已完成基因组全序列测定的毒株有美国兽用疫苗株 l等毒株【10】。在中国尚无野毒株 Ni．CE、蝙蝠毒株SHBRV-18、德国分离的野毒株serotype 基因组全序列测定完成。 l材料与方法 1．1材料 毒株来源：DRV(8202株)分离自吉林省发生狂犬病疫情的某鹿场，分离白梅花鹿脑 组织，毒株的分离鉴定已完成，种毒由解放军军事医学科学院军事兽医研究所病毒室保存。 实验试剂：TRlzol Regent购自Invitrogen公司；AMVRecerse 抽提试剂盒购自杭州维特洁公司。 1．2方法 1．2．1引钧设计 根据NCBI中检索到的全基因组序列已测定完成的毒株核苷酸序列，进行多重序列同源 性比较，选定同源性比较高的区域，利用Primer 6．0两个软件进行引物 premier