§1.绘图技巧——聚类以及热图练习一绘图技巧——聚类以及热图.pptxVIP

聚类以及热图 案例1 背景：两组样本（健康人和癌症病人），30个bio-maker基因，其基因表达量理论上可以将两类人群分开。 目的：请用图形展示这些基因对人群的分类效果。 数据：exp_top30.original.txt 一行一个基因，表头为样本，T为tumor，N为normal，GD为广东人，GX为广西人。 先尝试画出如下效果 个人实操 请修改两个脚本，绘制热图、PCA图，查看分类效果； 脚本修改点提示： 输入和输出文件设定； 脚本报错后修改； 注意：热图是否会遇到问题 画图注意点 1）绘制图形，要注意输入的表中，是否有异常字符（例如非数字字符，“NA”，“-”等） 2）务必保证每一行的格子数相同； 3）绘制热图不能有值全部都为“0”的行，应该删去。 4）绘制热图不能有重复行，即Gene ID不能出现重复 小组讨论：进阶修改 1）采用了样本在列方向排列的布局方式； 2）样本地域和性状提前分好类，所以并不聚类；加标签后更加美观； 3）基因实际上已经聚类，这样图片颜色更加整齐划一；但聚类树并没有画出（为了美观）； 思路 1）excel 重新排版（转置，并重新整理） 2）重新定义脚本，包括： a）调整热图格的高宽比； b）是否聚类，是否展示树） c）定义标签分类的数据框； 3）输出，后期修图（inkscape 或