2-4算法探究-生命科学---基因组学.pptxVIP

COMPUTATIONAL THINKING 算法探究 ——生命科学：基因组学Bioscience： Genomics《计算思维》培训教材范例01 关于算法探究02 基因研究算法实例03 课程反思01 关于算法探究02 基因研究算法实例03 课程反思第一节 关于算法探究01算法：是一系列具体指令的集合，这些指令可以通过对数据进行模式搜索、计算概率以及其他方式来帮助我们理解这些数据。算法探究：通过介绍您学科领域中的算法实例，认识并理解算法是一种可以提高学习者学习能力的强大工具，以及该技术可以用来实现算法和完成算法的自动化。01 关于算法探究02 基因研究算法实例 03 课程反思第二节 基因研究算法实例02技术能被高效的使用之前，人们就已经尝试将算法应用在基因的研究中。人类基因组计划的研究结果：人类细胞中的DNA的碱基对长度大约在5千万到2.5亿之间。研究者们仍在不断加深对基因功能和基因表达方面的理解。第二节 基因研究算法实例02基因组研究中面临许多问题，算法的应用起到了很大作用：编码在DNA中的信息量巨大。基因之间的相互作用非常复杂。科学家如何从如此多的可能性和数据中获得有用的结论？第二节 基因研究算法实例02【Mendel豌豆杂交实验中的算法】Gregor Mendel的实验中影响最为深远的部分，是他从结果中发现的模式。Mendel是研究豌豆杂交育种和古老选择育种技术的先驱。第二节 基因研究算法实例02【Mendel豌豆杂交实验中的算法】Mendel研究了数千种植物，从中寻找那些特定性状被选择出的结果。通过研究这些数据，Mendel发现了遗传的模式，并揭示了如今被称为遗传定律的规律。第二节 基因研究算法实例02【Mendel豌豆杂交实验中的算法】想象有一个可以决定花朵颜色的基因。花从它的父母那里分别获得一个基因而凑成一对，一对基因控制花朵颜色。这些基因可能彼此不同，使得花朵呈现出遗传的多样性。对于该颜色基因，我们假设它有两种：紫花基因（P）和白花基因（p）至少有一个花色基因为紫色基因（Pp 或者PP），花朵呈紫色两个花色基因都是白花基因（pp），花朵颜色呈白色第二节 基因研究算法实例02PpPp【Mendel豌豆杂交实验中的算法】当父母分别具有两种花色基因时（被称为杂合子），基因组成都是Pp，它们的子代开什么颜色的花呢？亲本:旁氏表能够帮助你将这四种遗传可能性可视化PpPPP PppPp pp?子代:75%25%第二节 基因研究算法实例02Pp【Mendel豌豆杂交实验中的算法】pp当父母中有某一方为纯合隐性（pp）时，这一结果就会发生变化。如图。亲本:或有某一方为纯合显性基因（PP）时，结果又将不同PppPppppPp pp?子代:50%50%第二节 基因研究算法实例02【Mendel豌豆杂交实验中的算法】当同时考虑花色基因（ P、 p）和种皮外形基因（Y、y）两对基因，子代将会有16种可能性。见旁氏表PYP yp Yp yPYPPYYPPYyPpYYPPYyP yPPYyPPyyPpYyPpyyp YPpYYPpYyppYYppYyp yPpYyPpyyppYyppyy而同时考虑三对基因杂交，则有64种可能性当存在更多的基因时，其子代的基因型的可能性的数目也呈指数方式增长第二节 基因研究算法实例02【Mendel豌豆杂交实验中的算法】你可以看到这些数据的采集量和计算量惊人的增长速度。为了采集七种基因类型结果，Gregor Mendel在七年的试验中需要投入多大的精力和耐心。而人类的基因组包含有超过20000种基因，你会发现纸、笔以及传统的计算方式已经无法满足基因研究的需求。当你关注这些研究数据时，你会跟Mendel一样发现：数据中的模式可以用来归纳法则，并帮助我们理解其中的现象。第二节 基因研究算法实例02【DNA转录和翻译中的算法】ORDW人类细胞在进行DNA复制和蛋白质合成时使用的过程，也是某种转录和翻译算法。对于文本信息，你可以使用缩略词来进行压缩。WordWordWordWord人类的每一个细胞每天无时无刻不在重复着这一过程，而这清晰的向我们展示了算法的威力。理解这个过程能够帮助科学家们更好的了解人体的生理过程，并能够帮助我们找到对抗病毒的新方法。第二节 基因研究算法实例02【DNA转录和翻译中的算法】以下是一个用代码模拟DNA转录成信使RNA，再将信使RNA翻译成氨基酸链的例子。#DNA -- mRNAtranscription_dict = {A:U, G:C, C:G, T:A}#mRNA -- Amino acidtranslation_dict = {UUU:Phe, UUC:Phe, UUA:Leu, UUG:Leu, UCU:Ser, UCC:Ser, UCA:Ser, UCG:Ser, UAA