微生物的宏基因组测序-二代高通量.pdfVIP

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2018-01-21 发布于浙江
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微生物的宏基因组测序-二代高通量.pdf

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微生物的宏基因组测序-二代高通量

微基生物——您自己的微生态研究团队微生物多样性分析方案宏基因组测序微基生物科技（上海）有限公司微基生物科技（上海）有限公司 1/ 19 微基生物——您自己的微生态研究团队目录一、微基生物公司简介 3 二、微基生物代表客户及项目列表 4 三、宏基因组学简介 5 四、宏基因组分析流程 5 4.1 技术路线5 4.2 样品采集和保存 5 4.3 送样要求 5 4.3.1 环境样本 5 4.3.2 环境样本DNA 5 五、文库构建 6 六、生物信息学分析6 6.1 生物信息分析流程 6 6.2 基础生物信息学分析 8 6.2.1 原始数据的处理和质控8 6.2.2 优化数据的统计8 6.2.3 序列拼接组装 8 6.2.4 基因预测 9 6.2.5 非冗余基因集的构建9 6.2.6 物种分类学注释 10 6.2.7 COG 功能注释10 6.2.8 KEGG 功能注释 11 6.3 常规生物信息学分析 12 6.3.1 Specaccum 物种/功能累积曲线 12 6.3.2 多样品比较 venn 图 12 6.3.3 物种（或基因、功能）Heatmap 图 13 6.3.4 物种（或基因、功能）PCA 分析 13 6.3.5 相关性Heatmap 图 14 6.3.6 Wilcoxon 秩和检验分析 14 6.3.7 LEfSe 分析 15 6.3.8 碳水化合物活性酶注释 15 6.3.9 Hcluster 层次聚类树 16 6.3.10 菌群分型分析 17 6.3.11 抗生素抗性基因注释 17 七、联系方式： 19 微基生物科技（上海）有限公司 2 / 19 微基生物——您自己的微生态研究团队一、微基生物公司简介微基生物科技（上海）有限公司是专门从事微生物生态学/微生态相关问题研究的高科技服务公司。微基生物为客户提供“实验规划-样本采集-微生物多样性检测-生信统计学分析-论文协助”整套科研方案服务，也可针对某个或多个环节进行研究。微基生物致力于协助科研人员探索微生态与健康、环境、农牧林之间隐藏的奥秘，更