5生物信息学 酶工程与蛋白质工程 教学课件.ppt

GenBank存储的数据类型 基因组DNA数据库 染色体、大片段DNA、基因、序列标签位点（STS） cDNA数据库 表达序列标签（EST） 蛋白质数据库 非冗余数据库（nonredundant database） EST cDNA克隆的一部分序列（300-800bp）。 EST序列通常是随机选出cDNA克隆并对其中一条链进行快速测序。 UniGene 一个基因的数据库条目，包含了所有这个基因对应的EST。 参考序列（RefSeq） 给出了一个对应于基因或蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认的序列。 GenBank中对应于某个基因的索引号可能有上百个，但是对应于一个基因的RefSeq记录只有一个，或者在存在可变剪切的情况下对应不止一个。 EMBL是由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory)于1982年创建的，目前由欧洲生物信息学研究所负责管理。 DDBJ是DNA Data Base of Japan的简称，创建于1986年，由日本国家遗传学研究所负责管理。 PRINTS 将多个保守的序列模式作为识别蛋白质家族的特征 BLOCKS 若干蛋白质序列中高度保守的序列片段，通常不含空位 Pfam和SMART 结构域：独立的结构、功