第5讲 近交系数与亲缘系数 群体与数量遗传学 教学课件.ppt

群体数量遗传学 第5讲 近交系数与亲缘系数 内容 一、个体的近交系数 二、亲缘系数 三、群体近交系数的估计 四、近交的遗传效应 一、个体的近交系数 近交：有亲缘关系（有共同祖先）的个体进行交配。 有限群体中总是存在近交。 有亲缘关系（有共同祖先）的个体可能都携带共同祖先某一基因的复制品。 近交产生的后代在某一位点上的2个等位基因可能是上一代中一个相同基因的复制品。 一、个体的近交系数 个体的近交系数FX是组成该个体的两个配子之间的相关系数 (FX=rg’1g1)。 配子g’1到配子g1 （配子世代）的通径系数=1/2 个体的近交系数 个体的近交系数 n1=X的一个亲本到共同祖先A的世代数； n2=X的另外一个亲本到共同祖先A的世代数； N=n1+n2+1: X的双亲通过共同祖先A的整个通径链上所有的个体数（包括双亲） 个体的近交系数 如果X的双亲还有其他共同祖先,则rg’1g1就等于通过每一个共同祖先的全部通径链的系数的总和。 举例 著名短角品种近交公牛Roan Gauntlet 的系谱图 有两个共同祖先A1和A2 S-G-A2-D N=4 S-M-A2-D N=4 S-G-Da-A1-C1-Ca-D N=7 S-M-M’-A1-C1-Ca-D N=7 S-G-A2-D N=4 S-M-A2-D N=4 S-G-Da-A1-C1-Ca-D N=7 S-M-M’-A1-C1-Ca-D N=7 二、亲缘系数 任何两个个体的亲缘系数即它们间的遗传相关（亲缘相关）。 合子X’到合子X(合子世代)的通径系数ba: 二、亲缘系数 二、亲缘系数 二、亲缘系数 当S和D有多个共同祖先时，rSD等于通过每一个共同祖先的全部通径链的系数的和。 亲缘系数与近交系数的关系 作业1 用通径分析法计算下列系谱中个体8的近交系数以及个体6和7之间的亲缘系数。 三、群体近交系数的估计 1、按系谱逐个计算 2、亲缘协方差表法(Emik et al.,1949) Si, Sj:分别是个体i和个体j的父亲 Di, Dj:分别是个体i和个体j的母亲 一个已知个体和一个未知个体的亲缘协方差为0。 举例 一系谱图如下： 作业2 利用亲缘协方差表 法计算下列公牛系谱 中所有个体的近亲 系数和两两之间的 亲缘系数。 (建议用Matlab编程) p=[1 0 0; 2 0 0 3 1 0 4 1 0 5 1 0 6 2 3 7 2 4 8 5 0 9 2 8 10 6 7 11 10 9]; cov=zeros(11); for i=1:11; for j=i:11 if (i==j p(i,2)*p(i,3)=0) cov(i,i)=1; end if (i==j p(i,2)*p(i,3)0) cov(i,i)=1+cov(p(i,2),p(i,3))/2; end if ji p(j,2)=0 p(j,3)=0 cov(i,j)=0; end if ji p(j,2)0 p(j,3)=0 cov(i,j)=cov(i,p(j,2))/2; end if ji p(j,2)=0 p(j,3)0 cov(i,j)=cov(i,p(j,3))/2; end if ji p(j,2)*p(j,3)0 cov(i,j)=(cov(i,p(j,2))+cov(i,p(j,3)))/2; end cov(j,i)=cov(i,j); end; end pedigree=zeros(11); for i=1:11; for j=i:11 if(i==j) pedigree(i,i)=cov(i,i)-1; end if(ji) pedigree(i,j)=cov(i,j)/sqrt(cov(i,i)*cov(j,j)); end pedigree(j,i)=pedigree(i,j); end; end 亲缘方差协方差矩阵 近交系数与亲缘系数 三、群体近交系数的估计 2、闭锁小群体近交系数的估计 假设：基础群(无近交个体)由 N个个体(雌雄个体数相等)组成。 N个个体产生2N种不同的基因。 配子结合产生合子时，每一种基因都有1/(2N)概率和同一基因的复制品配对形成（同一基因的）纯合子。 每一世代(同一基因)纯合子的增加概率=近交系数增量(ΔF) 举例：雌雄同体的海洋生物 举例：雌雄同体的海洋生物 举例：雌雄同体的海洋生物 举例：雌雄同体的海洋生物 每