柠檬酸循环-abc.PDFVIP

柠檬酸循环 分子月报 ， David Goodsell ，2012 年10 月 译者：郭倩楠 （13 级硕士 ，中国农科院生物所） doi: 10.2210/rcsb_pdb/mom_2012_10 关键词：三羧酸循环，Krebs 循环， 柠檬酸循环，多酶复合体 Download high quality TIFF image 引言 柠檬酸循环，又称Krebs 循环或三羧酸循环，处于细胞代谢的中心点，在 能量产生和生物合成过程中扮演主要角色。它完成了从糖酵解起始的糖分解作 用，而且在反应过程中产生ATP 。它也是生物合成反应的中心枢纽，提供可以 被用于合成氨基酸和其它分子的中间产物。柠檬酸循环的酶在所有含氧细胞中均 可存在，甚至在一些不含氧细胞中也存在。这里所举的例子来源于多种不同的生 物。 八个反应 柠檬酸循环的八个反应使用一种小分子—草酰乙酸 - 作为催化剂。循 环起始于在草酰乙酸上加一个乙酰基，在后来的八步反应中，乙酰基被彻 底分解，恢复后的草酰乙酸分子进入下一个循环。在一个典型的生物反应 中，它不会这么简单。你可能会想象那些酶只是使草酰乙酸载体乙酰基的 两个碳原子离开。但是，通过标记这些分子上的特定碳原子，科学家发现 事实与想象有所不同，实际上是草酰乙酸本身的两个碳原子被以二氧化碳 的形式释放。然后，在循环的结束，起始时的乙酸盐的原子被利用，重新 了合成了草酰乙酸。 能量产生站 柠檬酸循环提供了氧化磷酸化过程（人体中ATP 和能量的主要来源）中 的电子。当乙酰基被裂解后，电子被储存在运载体NADH 中，后被传递到复 合体I 中。然后这些电子通过两个质子泵-细胞色素bc1 和细胞色素c 氧化酶 -为质子梯度的产生供以燃料。形成的质子梯度为ATP 合酶提供动力，形成 ATP 。所有这些活动在线粒体中发生，其中柠檬酸循环的酶在线粒体内（线 粒体基质），质子泵位于线粒体的膜上。 柠檬酸合酶 柠檬酸循环的第一个酶为柠檬酸合酶， （PDB entry 1cts 所示）。丙酮酸 脱氢酶复合体在进入柠檬酸循环前将一个乙酰基加在运载体CoA 上（形成乙 酰CoA ），该形式使得乙酰基处于激活状态。柠檬酸合酶将乙酰CoA 的乙 酰基连接到草酰乙酸上，形成柠檬酸。反应过程中，柠檬酸合酶在乙酰CoA 和草酰乙酸这两种分子周围开启和闭合。可在Molecule of the Month on citrate synthase. 网页查看柠檬酸合酶的动态结构。 Download high quality TIFF image 顺乌头酸酶 第一步反应形成的柠檬酸是较稳定的，第二步移动一个氧原子以形成一 个较活泼的异柠檬酸分子。顺乌头酸酶催化这个异构化反应，铁硫蛋白予以 辅助。可在Molecule of the Month on aconitase. 网页查看顺乌头酸酶催化的反 应过程。 Download high quality TIFF image 异柠檬酸脱氢酶 柠檬酸循环的第三步反应。异柠檬酸脱氢酶，（PDB entry 3blw 所示）, 移动某个碳原子，形成二氧化碳，并且转移电子到NADH 。如果想获得该分 子的更多细节。可以查看Molecule of the Month on isocitrate dehydrogenase. 网页。 Download high quality TIFF image α -酮戊二酸脱氢酶复合体 下一步反应由一个大的多酶复合体催化进行，该复合体与丙酮酸脱氢酶 类似。该复合物中发生了很多反应。另一个碳原子以二氧化碳的形式释放， 电子被转移到NADH 上，分子的剩余部分连接到CoA 上。该复合酶由三个 酶组成，互相之间灵活连接。这里展示的插图只包括一些 “链”分子在实 际的复合体中，中央核心被24 个酶包围。这个插图用了许多的PDB 条目： 1e2o, 1bbl, 1pmr, 2eq7, and 2jgd。 Download high quality TI