第十五章 分子数量遗传学1 群体与数量遗传学 教学课件.ppt

第十五章 分子数量遗传学简介 分子数量遗传学简介 分子遗传学与分子生物技术 DNA水平上的分子遗传标记及其检测技术 DNA序列测定技术 转基因技术 克隆技术 遗传标记 可准确鉴别的能反映个体特异性的遗传特征 理想标记应具备的条件 高度多态 数量多，而且均匀地覆盖整个基因组 测定不受年龄、性别、环境等因素的限制 共显性，能够准确判别所有可能的基因型 传统的遗传标记 形态学标记 具有鲜明外部特征的质量性状：毛色、有无犄角 细胞学标记 染色体形态、数目和结构的变异 生化学标记 血液或乳中的蛋白质（包括酶）的多态性，通过免疫反应或电泳技术反映出来：血型抗原、血液蛋白、乳蛋白、同工酶 分子遗传标记 任何两个个体的DNA序列都不会完全相同 在人类平均大约每1000个碱基对中会有1个差异 个体间的DNA序列差异可作为遗传标记 I 型标记：与基因功能有关的标记 II 型标记：与基因功能无关的标记 分子遗传标记 RFLP：限制性酶切片段长度多态性 微卫星（microsatelite） 小卫星（minisatelite） AFLP：扩增片段长度多态性 RAPD：随机扩增多态性DNA SNPs：单核苷酸多态 连锁图谱 连锁（linkage)：位于同一染色体上的基因座彼此连锁 连锁图谱（linkage map）：将彼此连锁的基因按其排列顺序以及相互间的遗传距离线性排列 遗传距离 重组率（recombination fraction）：在两个基因座间发生奇数次染色体互换（crossing over） (完全连锁） 0 ? r ? 0.5 （自由组合） 图距（map distance）：两个基因座之间的距离达到了可期望在一次减数分裂中它们之间发生一次染色体互换时，称它们之间的图距为1M（Morgen） 1cM（centi-Morgen）= 1/100 M 图距函数（mapping function） 重组率与图距之间的函数关系 Haldane 图距函数（假设无干扰） 图距函数 Kosambi图距函数（考虑干扰） 图距函数 物理图谱（physical map） 基因在染色体上的物理位置图 物理距离 以碱基对（base pair, bp）数或千碱基对（kino-base pairs, kb）数来度量的基因座之间的距离 在人类基因组中，1cM的遗传距离大约相当于1000～2000kb的物理距离 畜禽遗传图谱现状 分子遗传标记的用途 QTL的检测与定位 标记辅助选择 标记辅助基因导入 标记辅助杂种优势利用 群体间和群体内的遗传特性 研究品种起源与发展 亲子鉴定、亲缘关系估计 ???? QTL QTL = quantitative trait locus (loci) 广义：所有影响数量性状的基因座 单个基因 染色体区域（基因簇） 狭义：对数量性状具有较大影响的基因座 ETL = economical trait locus(loci) 影响经济性状的基因座 多数情况下等价于QTL 主效基因（major gene） 对数量性状具有较大影响的基因（单个基因） 并非所有数量性状基因都是微效的 已发现的主效基因 鸡的矮小（dwarf）基因 猪的氟烷（Halothane）基因 羊的Booroola基因 牛的双肌（double muscling）基因 QTL检测的主要策略 标记-QTL连锁分析（QTL mapping） 单标记分析 多标记分析 基因组扫描 候选基因分析 候选基因分析 通过分析特定基因与性状的关联检测该基因是否为QTL 候选基因 在性状的发展和生理过程中具有已知生物学功能的基因 可以是结构基因或在调控和生化路径中影响性状表达的基因 候选基因分析 - 基本步骤 选取候选基因 生物学候选基因 根据已知的生物学知识 根据在人类或小鼠中已发现的具有较大表型效应的突变基因 位置候选基因 根据QTL连锁分析的结果，在确定存在QTL的染色体区域内寻找基因 位置比较候选基因 利用在其他物种中发现的基因的信息，在同源的染色体区域内寻找基因 候选基因分析 - 基本步骤 获取用于扩增该基因的引物序列 揭示候选基因内的多态性 建立对所揭示的多态位点(site)进行大规模的测定基因型的实用方法 选择用于研究候选基因与性状的关系并获得DNA样品和表型信息的群体 研究候选基因与性状的关系 证实候选基因与性状的关系 候选基因分析 - 例 ESR （雌激素受体）作为猪产仔数候选基因的分析 为什么选择ESR 雌激素在很多繁殖功能中发挥重要作用 胚胎存活率 胎儿发育 受精 第二性征 雌激素受体很可能起着关键作用 标记-QTL连锁分析 基于标记与QTL之间的连锁不平衡关系，通过对标记从亲代到子代遗传过程的追踪以及它们在群体中的分离与数量性状表现之间的