结构域相互作用数据库的产生发展与应用-生物化学与生物物理进展.PDFVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(3): 280~287 构域相互作用数据库的产生、发展与应用 欧阳玉梅* (伊犁师范学院奎屯校区文理系计算机教研室，奎屯 833200) 摘要 结构域是进化上的保守序列单元，是蛋白质的结构和功能的标准组件 典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构 域间的结合，而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析 生物学通路等十分重要 目前，依赖于对实验数据的进一步挖 和对各种不同输入数据的计算预测，已识别出了一些相互作 用/ 功能连锁结构域对，并由此构建了内容丰富、日益更新的结构域相互作用数据库 综述了产生结构域相互作用的8 种计 算预测方法 介绍了5 个结构域相互作用公共数据库3DID 、iPfam、InterDom、DIMA 和DOMINE 的有关信息和最新动态 实例概述了结构域相互作用在蛋白质相互作用计算预测、可信度评估，蛋白质结构域注释，以及在生物学通路分析中的 应用 关键词 蛋白质相互作用(PPI)，蛋白质结构域，结构域相互作用(DDI)，数据库 学科分类号 Q51，Q503 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00437 [1] 蛋白质 - 蛋白质相互作用(protein-protein 性洞察 ，即实验技术还不能够揭示关于相互作用 interactions, PPI)在很多的生命过程和细胞活动中都 界面和蛋白质复合物形成的结构细节 而提取DDI 扮演着非常重要的角色，是生物网络大规模特性研 又是一项单调乏味和艰辛的工作 所以一直以来对 究、预测未知PPI、疾病机理研究、药物设计等的 于结构域水平上的关系，可使用的主要数据库很 宝贵资源 少 近年来，随着更多物种的完整基因组被测 ， 结构域是蛋白质进化上的保守序列单元，是蛋 以及对蛋白质序列、结构、功能、家族、结构域及 [2] 白质结构和功能的标准组件 它携 了许多特征， PPI 研究的逐步深入和相关数据库 的发展，DDI 包括催化活性、底物结合、结构特征，而且包括介 提取研究已出现了良好的开端 这项复杂技术，首 导蛋白质间或蛋白质与其他分子间物理相互作用的 先进行数据收集，然后设计运算法则(用公式来解 分子连接物 典型的蛋白质含有多种结构域，当 决高度复杂、特异的问题) ，最后应用当代强大的 然，一种结构域在一个蛋白质中也可能有多个拷 计算能力(in silico)挖 目标数据 目前，依赖于对 贝、相同的结构域在不同的蛋白质中可能处在不同 实验数据的进一步挖 和对各种不同输入数据的计 的位置 两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域 算预测，已识别出了一些相互作用/ 功能连锁 间的结合( 即一个蛋白质中的一个结构域与另一个 (functionally linked) 结构域对，并由此构建了多个 蛋白质中的一个结构域或较小的缩氨酸模体的结 内容丰富、日益更新的DDI 数据库 它们是在结 合) ，而且识别相互作用结构域对于理解PPI 十分 构域水平上彻底理解蛋白质功能与进化、构建PPI 重要 结构域 - 结构域相互作用(domain-domain 网络、分析生物学通路(pathway) 的重要资源 如何 interactions, DDI) 的模式在同种生物体内可重复， 高效地存储、管理和发展这些数据，如何深入分 并且可以存在于不同的生物体中，说明这些模式在 析、充分利用这些数据，已成为生物信息学的一个 生物界中被广泛保留了下来 这些模式组成了 “蛋 崭新课题 白质识别码”，成为破译PPI 的密码 然而，当前的生物技术( 不论是小规模实验， * 通讯联系人. 还是酵母双杂交系统等高通量实验)都只能够检测 Tel: 0992-3288820, E-ma