计算机模拟在蛋白质设计中的应用.pdfVIP

科研信息化技术与应用 2 0 1 4 , 5 ( 1 ) : 7 7 – 8 2 APPLICATION ·应用 /  · 计算机模拟在蛋白质设计中的应用 姚礼山 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 生物燃料重点实验室，山东 青岛 266101 摘  要： 分子动力学模拟是一种通过采用计算机模拟描述分子原子在不同时间尺度的运动的方法。其在生 物化学、生物物理学方面的应用 日趋广泛。除了解释实验现象之外，分子动力学模拟也可以用来 辅助蛋白质设计，主要通过两种途径：即提供分子间作用的结构模型和定量预测体 系自由能变 化。两种方法分别被用来提高酶设计的成功率和改善蛋白质的热稳定性。本文着重介绍并讨论该 方法在荧光蛋白质 YtVA 的热稳定性设计改造中的应用。我们通过分子动力学模拟设计 了 13 个 YtVA 蛋白质突变体，实验证明其中 62% 体现出更好的稳定性。而三突变的组合提高了该蛋白质的 熔化温度达 3 1℃，体现了该方法的可靠性。另外我们还讨论 了分子动力学模拟设计蛋白质的优势 和缺陷以及对未来进行了展望。 关键词： 分子动力学模拟；蛋白质设计；自由能计算 doi: 10.11871/j.issn.1674-9480.2014.01.008 Applications of the Computer Modeling in Protein Design Yao Lishan Key laboratory of Biofuels, Chinese Academy of Sciences, Qingdao Institute of Bioenergy of Bioprocess Technology, Qingdao, Shandong 266101, China Abstract: Molecular dynamics (MD) simulation is a computational method to describe the motion of atoms and molecules, and has been widely used in biochemistry and biophysics. Besides used in interpreting the experimental observations, MD simulations can also be adopted to assist protein design through two manners, providing the precise molecular interaction model and predicting the system free energy change. Both methods have been used to improve the success rate of enzyme design and enhance protein thermostability respectively. In this article, we discuss the application of MD simulation in fluorescence protein YtVA thermostability engineering. Thirteen mutants designed based on MD were tested 基金项目：国家 自然科学基金 77 科研信息化技术与应用，2014, 5 (1) experiment