生物信息学bioinf9.ppt

* 九、核酸序列的其他分析方法 分子量（molecular weight） 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 单链DNA（single strand DNA，ssDNA） 双链DNA（double strand DNA，dsDNA） 碱基组成（composition） 各种碱基数量 各种碱基比例 分析举例 从美国North Carolina State University微生物系的网页（/BioEdit/bioedit.html）下载BioEdit分析工具 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Nucleotide Composition” 文字分析结果和图形结果 2. 序列变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始DNA序列 TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT 互补序列 （complement) AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA 反向序列 （reverse) TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT 反向互补序列 （reverse complement) AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGA RNA序列 DNA－DNA序列之间变换 DNA－RNA序列之间变换 分析方法（举例） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件 DNA－蛋白质序列之间变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E 阅读框 1 K M A M G P H A V R * M L D L T R 阅读框 2 K W P W V H T Q * D E C * I S R 阅读框 3 分析方法－翻译全长DNA序列（举例1） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列 分析结果 分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2） 在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →Transeq”，点击“Launch” 在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列 分析结果 分析方法－翻译选择的DNA序列区段，显示DNA和氨基酸序列（举例3） 在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →ShowseqN”，点击“Launch” 在ShowseqN网页在“display format”栏目选择“one frame translation”、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列 分析结果 分析限制性内切酶（restriction endonuclease）消 化位点 展示DNA序列的酶切位点图 分离克隆基因或特定的DNA片段 分子标记，如CAPS（cleaved amplified polymorphism sequen