生物信息学2-蛋白质分析.ppt

蛋白质分析 认识蛋白质的四个视角 蛋白质家族 蛋白质的物理性质 蛋白质的细胞定位 蛋白质的生物学功能 视角1：蛋白质家族 Signature 多结构域蛋白的分析 BLAST的特殊应用之一 利用PHI-BLAST 基于Motif ASP_PROTEASE 的系统发育分析 视角2：蛋白质的物理性质 等电点：通过等电聚焦实验得到 分子量：通过分子半径和沉降系数得到 磷酸化位点：酶分析 糖基化位点：酶分析 跨膜区结构域：亚细胞成分分离 较为常用的软件、网站 DNAMAN6 DNASTAR7 http://www.expasy.ch/tools/#proteome 螺旋卷曲结构的预测 蛋白质分析的巨无霸 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT?6.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical?Wheel图；进行点阵图（Dot?Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。 MAOA(单胺氧化酶A)基因启动子区可变串联重复序列数目 与反社会人格障碍攻击行为有关 ccggcaccggca AJ004833 在基因组数据库中检索人的MAOA基因 MAOA的基因区间43491011 MAOA的启动子区间43400353 CCGGCACCGGCA /enhome.asp 建立文献数据库 选择第一项，建立一个新的EndNote文献数据库 在电脑里选择一个合适的文件夹作为EndNote的数据库存放地。 进入PubMed，输入“hTERT”，选择 选择带有 图标的，这是免费全文的标志。打开可以看到 点击Reference，选择New reference，为数据库增加一篇新文献。 知道多少添多少 点击保存，ok 导入文献数据库 进入到PubMed的检索结果界面，选中目的文献 。 在dislay框中选择MEDLINE 保存为MEDLINE格式的文件 保存在数据库中 视角3：细胞定位 视角4：蛋白质功能 GOA集大成者-UniProt 9月24日，瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics，简称SIB)蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)小组的成员们在伯尔尼(Bern)大教堂外展开了一卷写满目前人类所知20325种人类蛋白质描述的长幅，以庆祝该研究所的10岁生日。 UniProt Knowledgebase（UniProtKB）：这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心 人类肾上腺皮质激素受体蛋白在4.5亿年的时间里发生结构变化， 最终进化出了特定的功能。 UniProtKB是标准的GOA文件，在“Search in”框中，选择“UniProt Knowledgebase（UniProtKB）”，首先是使用“search”的文本检索功能，在Query框中输入“glucocorticoid receptor human”，旨在搜索人的肾上腺皮质激素受体。 熟悉一下UniProtRef 是UniProt收录的非冗余序列集，在“Search in”框中，选择“Sequence Cluster（UniProtRef）”，首先是使用“search”的文本检索功能，在Query框中输入“glucocorticoid receptor human”，旨在搜索人的肾上腺皮质激素受体。搜索结果将给出所有符合检索条件的序列子集，以供选择，并且给出三个子集选择，分别是50%、90%、100%。也就是说，将序列以不同的相似程度进行组合，以便研究者按照自己的要求进行选择，如果需要100%相似性的选择，就意味着在可变异构体中进行，如果90%，则意味着在不同种属间进行，50%则意味去寻找远缘相关的蛋白了，如何选择，只需点击50%、90%、100%即可。 接下来进行聚类分析。点击“Align”，出现在序列框中是个该子集中的所有序列的序列号码，见下图： 比对结果 * 视角1：蛋白质家族 Domain Motif 所谓结构域是指蛋白质中能折叠成特定三维结构的一段区域。一组拥有相同结构域的蛋白被称为一个蛋白质家族。常见结构域的氨基酸残基数在100～400个之间，最小的结构域只有40～50个氨基酸残基，大的结构域可超过400个氨基酸残基。 是蛋白质中较短的保守序列，可以决定蛋白质的性质，长度一般为10-20个氨基酸，含有相同