[自然科学]Chapter6DNA的损伤与修复.ppt

Chapter 6 DNA存储着生物体赖以生存和繁衍的遗传信息，维护DNA分子的完整性对细胞至关紧要； RecA引起的链交换和Holliday结构的生成 6.5.1 遗传标记的概念及发展 遗传标记的概念 RAPD RAPD多态性主要来自：与引物互补的位置发生碱基突变； 引物可扩增区域内DNA序列的插入或缺失。 RAPD由Williams等于1990年提出的一种检测DNA多态性的方法 由于该方法中所选用引物的碱基是随机的,所用引物可达成百上千,所检测到的是生物体的整个基因组,既能检测有功能的基因编码区,又能检测到重复序列区,用同一套引物可对多个群体或物种进行分析,其所用引物的随机性和其所检测的结果具有更为可靠的统计性和更好的代表性,使RAPD标记在重要基因的标记、定位、系统进化、群体多样性和遗传演化等方面得到了广泛的应用. RAPD由Williams等于1990年提出的一种检测DNA多态性的方法 但RAPD标记具有三个主要缺点 一是RAPD 标记中的一条EB染色的带往往是一种混合标记,是在基因组DNA中扩增位点不一,长度相同或不同的一组片段的混合片段标记; 二是RAPD标记在多态性位点的扩增带大多为显性标记, 因此不能区分个体基因型是纯合还是杂合个体; 三是该方法的稳定性和重复性较差 DNA指纹（DNA fingerprint） 小卫星DNA （minisatellite） 用含核心重复序列的小卫星探针，对酶切后基因组片段进行杂交，经放射自显影可得到一系列类似手指指纹的谱带，称为DNA指纹图谱。 不同个体基因组中的小卫星数目存在不同，小卫星核心重复序列数目不同，所得DNA指纹图谱不一样。 DNA fingerprint A B C D E 微卫星DNA（microsatellite DNA） 又称简单重复序列（simple sequence repeats, SSRs）、短串连重复（short tandem repeat, STR），以1-6的短核苷酸序列（核心序列）为基本单位，呈串连重复状散在分布于生物体整个基因组中 。 微卫星标记的优点 分布广泛 微卫星广泛分布于真核生物基因组中，不仅存在于内含子或非编码区，也存在于编码区及染色体上的其它任一区域 高度多态 等位基因与基因型检测方法简便 共显性标记: 微卫星标记遵循孟德尔遗传法则，呈共显性遗传，因此能很好地区分纯合子与杂合子。 微卫星引物的通用性: 微卫星侧翼序列的保守性以及物种间某些染色体区段的共线性，使得从一个物种获得的引物可以应用于相关的分类群 中性标记: 在多数情况下，微卫星标记没有任何表型效应，因而不存在对家畜个体的有害或次级效应 微卫星DNA检测原理 同位素自显影放射检测 聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）检测 ABI 377 DNA测序仪检测 －－半自动垂直平板凝胶电泳 ABI 310 DNA测序仪检测 －－全自动毛细管凝胶电泳 单核苷酸多态性 （ single nucleotide polymorphisms ，SNPs） 指在单个核甘酸上的突变所引起的多态，多是双等位基因，且某一等位基因的频率不低于1%。 变性高效液相色谱法（DHPLC）检测SNP位点 遗传标记应用 群体遗传变异与进化研究 亲缘关系判定 遗传作图与QTL定位 影响猪肉质性状的QTL定位结果（1号染色体） 影响猪肉质性状的QTL定位结果（15号染色体） Pig industry in the future ! 突变的种类与作用/影响 突变产生的原因 突变的修复与回复突变 DNA遗传多样性的检测 基因重组的分子基础 基因突变与重组的分子基础 名词： 突变、点突变、突变热点、回复突变、抑制突变 遗传重组、同源重组、位点特异性重组、转座重组、重组热点、Holliday intermediate, Chi seq, 内含子归巢 问题： DNA的突变有那些类型？ 点突变有那些类型？ 请列举突变产生的原因（自发，诱发） 真核细胞有哪些DNA错配修复机制？ 简述三种DNA突变检测的方法（测序、RFLP、PCR-RFLP） 基因突变与重组的分子基础 问题： 遗传重组有哪几种类型？ 简述同源重组的生物学意义 图示Holliday intermediate 的形成及解决的过程 简述重组酶recA, recBCD,RuvA/B,C等的功能 4、整合分子机制 ? 核心序列O全长15bp，富含A-T ? 发生在O内的重组交换位点相距 7bp ? 整合酶的结合位点：attP 240bp、attB 23bp(两者的作用不同) ? attP位点的负超螺旋为重组所必须加强了Int和IHF的亲和力 高剂量的蛋白维持单链重组所必需