靶向上调ID4基因表达药物的生物信息学预测、分析和验证演示课件.pptVIP

靶向上调ID4基因表达药物的生物信息学预测、分析和验证 解放军总医院南楼血液科 卢学春 杨波 朱宏丽等 生物信息学在全球迅猛发展 基因→基因组学 蛋白质→蛋白质组学 表观遗传学→表观基因组学 疾病状态的…… 如何利用数据库为我们服务？ 生物信息学！ 表观遗传学的贡献 抗癌基因的丢失与肿瘤的发生密切相关 ID4基因的表达缺失而非突变与白血病和淋巴瘤的发生密切相关 ID4丢失对白血病治疗前景的启示 重新表达！ 转染-基因治疗 药物诱导 哪些药物能够诱导ID4基因的表达？ 生物信息学可以预测！ 实验室证实 ID4基因的启动子分析 ID4基因启动子活性分析 ID4基因5′侧翼区顺式作用元件的预测结果 调控区 顺式元件 位置 正向调控 c-Myb -903, -621, -441, -374, -149,-136, -606 NR Sp1 -901N, -872NR, -867, -559, -369, -283, -187, -118, -91, -58, +14, +17, +45, +47, +48, +78, +81, +91, +94, +1004, +1006, +1007, +1011 +124, +130, +132, +133, +134, +173, +191, +193, +194, +231, +233, +235, +236, +259, +260 abaA -794NR, -498, -424, -419, -350, -157, -4 C/EBPalpha -705, -369, -572, -253, -108 GR -355NR, -148, -106 Zeste -291, -249, -80, -32, +34, +53, +61 CRE/half -301，-267 ERE -244，-214，-181，-155，-129，-68，-28 负向调控 GCF +44, +133, +160, +177 WT1 -KTS +46, +102, +105, +131, +124 HiNF-C +105, +131, +46 EGR2 +107, +127, +133, +194 CACC-binding factor -873, -871 NR, -283 对ID4基因表达具有促进作用的因素 a.3日龄小鼠用ATRA处理.在第4天给一半小鼠以地塞米松（DEX）. b. 额叶皮质的基因表达，取自过表达人类乙酰胆碱酯酶（AchE）的雌性小鼠和雌性FVB/N小鼠. C. 巨噬细胞和脐静脉内皮细胞用100nM白三烯处理1小时后的基因表达. d. 来自骨髓的巨噬细胞PIAS1用500U/ml的IFN-β或10ng/ml IFN-γ处理2h或4h. 有关ID4基因表达调控的文献 No. paper Author Experiment materials ID4 expression 1 Nat-Genet Yu L, 2005 mice Methylation(-) 2 Oncogene Umetani N, 2005 breast cancer tissues Methylation(-) 3 Oncogene Chan AS，2003 breast cancer cell lines Methylation(-) 4 Anal-Biochem Semov A，2002 WI-38 fibroblast E-box binding factor and c-Myc-binding protein(-) 5 Endocrinology Chaudhary J，2001 Sertoli cell line FSH and cAMP(+)* 6 Exp-Cell-Res Andres BPJ, 1999 mouse forebrain astrocytes cAMP(-)* 7 J-Biol-Chem Pagliuca A, 1998 DNA sequence E-box (+) GA (-) *不同研究结果间存在矛盾. (-)抑制表达; (+)促进表达 二丁酰环磷腺苷钙对MOLT4白血病细胞系表达ID4基因的影响 DL2000为DNA分子量标准；M4为不做任何处理的MOLT4细胞系，M4-DC浓度为0.1mmol/L的二丁酰环磷腺苷钙处理48h。ID4基因的PCR产物长度为364bp。内参hHPRT的产物长度为231bp。 结 论 生物信息学可用于筛选靶向调控功能基因表达的药物 二丁酰环磷腺苷具有诱导ID4基因在白血病细胞中表达的作用，对ID4基因表达缺失的白血病细胞可能具有杀伤作用 ID4基因的表达可能还受糖皮质激素、雌激素、甲状