芪类寡聚物脱氢反应试验与理论ECD谱确定绝对构型-墨灵格.PDFVIP

墨灵格，懂你的分子 CONFLEX 应用案例第二期 芪类寡聚物脱氢反应：实验与理论ECD 谱确定绝对构型 一、 文献来源 Tetsuro Ito, Tatsuo Nehira. Dehydroxylation of stilbenoid oligomers: absolute configuration determination via comparison of experimental and theoretical electronic circular dichroic spectra. Tetrahedron Letters 55 (2014) 314–318. 二、 摘要 白藜芦醇是茋类化合物的一个关键砌块 （building block）。由于它多样的生物活性，包 括肿瘤化学预防活性和抗衰老作用，引起了广泛关注。茋类化合物通常在一些植物系的白藜 芦醇寡聚物（ResOligos）中发现。随着 ResOligos 及其引人注目的生物活性被陆续报道，它 们的结构解析变得越来越重要。 ResOligos 的结构解析通常采取NMR 技术确定其原子连接。但是，ResOligos 存在 手性中心，NMR 技术仅能够确定其相对构型。为了确定其绝对构型，Tetsuro Ito 及其同 事采用广泛使用的实验与理论电子圆二色谱 （electronic circular dichroism，ECD ）比较 分析的方法。构象分析是理论计算 ECD 的一个重要过程，然而，在该过程中，他们发 现产生的构象太多，难以全部进行高精度的计算。为了解决该难题，作者采用一种混合 的化学关联方法，即首先对目标分子进行脱氢反应，然后对脱氢产物进行构象分析，通 过确定产物的绝对构型从而推测目标分子的绝对构型。为了检验该方法的可行性，作者 还首先采用两个绝对构型已知的ResOligos 进行模拟实验。验证结果表明，该方法简单 可靠，与报道的结果相一致。 三、 计算步骤 方法检验 1. 脱氢反应：对化合物1a 的三氟甲烷磺酸酯使用Mori 等人报道的Pd/C-Mg 介导的脱 氢反应，得到脱氢产物 1c；对另一个化合物 2a 以4a 为起点采用类似方法得到脱 氢产物4c，再转化为2c （图1）。 2. 构象分析：使用CONFLEX 6 在MMFF94S 力场下对化合物1c 和2c 进行构象分析， 分别得到2 个稳定构象。 1 墨灵格，懂你的分子 图 1. 白藜芦醇衍生物及其三氟甲烷磺酸酯和脱氢衍生物的结构 3. 结构优化：使用Gaussian 09 在B3LYP/6-31G(d)理论水平下进行结构优化计算。 4. 能量计算：对优化好的结构，采用时间依赖的密度泛函（TDDFT ）方法，在B3LYP/TZVP 理论水平下计算能量。 5. 玻尔兹曼校正：将旋转强度转化为高斯型曲线，获得 ECD 谱，再根据玻尔兹曼分 布，对各个构象的图谱进行叠加，得到加权ECD 谱。 6. 图谱比较：与实验ECD 谱比较，确定1c 和2c 的绝对构型，结论与报道的相一致（图 2 ）。 图 2. 脱氢产物1c （a）和2c （b）的实验和计算ECD 谱 2 墨灵格，懂你的分子 实际应用 采用上述经过检验的方法，对化合物3a 进行结构确证。通过确定其脱氢化合物3c 的绝 对构型，推测3a 的绝对构型 （图3 ）。 图 3. 脱氢产物3c 的实验和计算ECD 谱 四、 结论 通过比较实验和理论计算的ECD 谱，能够有效地确定化合物的绝对构型。在 ECD 计算 过程中，构象分析是关键的一环。采用CONFLEX 6 程序能够地获得化合物的所有构象及其分 布比例，从而为 ECD 计算提供有效的初始结构。采用混合