第3讲 生物信息学序列分析生物信息学常用的软件及其使用.pptVIP

Plasmid processor 其免费下载的网址 http://www.hytti.uku.fi/%7Eoikari/plasmid.html DMUP beta 其免费下载的网址 /down/dmup.zip Plasmid processor质粒作图软件是压缩软件，需要先将其解压到一个目录下（不需安装即可直接应用），然后才能应用。（压缩文件是网络传输的最常用文件，目的是为了传输方便）； 1）在资源管理器中双击Plasmid.exe 文件（553kb)，进入作图的界面； 2）点file--new,在出来的对话框中填上Plasmid name和length,比如分别填 pBR322和4322（bp)（注意不能填4.322kb，否则软件不认识）。点击OK，进入下一个界面，上面是一个圆，标着pBR322和4322bp。 3）点--date--restriction site加酶切位点，填酶的名称及定位； 4）点Date--multiple--Genes,填基因名称（如E6），位点在500至890处，还是在此对话框中，选择右下角的style选所加基因的格式是箭头还是长的圆弧等格式（根据喜好），选厚薄度（thichness),然后点击此对话框右上部分的Add Gene，，在点击done，于是基因就加上了。基因和酶切位点可反复加多次。 5）但本软件缺陷之处上多克隆位点不能直接加，只能通过点--date--restriction site加酶切位点，在此对话框中加多克隆酶切位点（如加HinIII, EcoRI,BstI时，点--date--restriction site加酶切位点，出现对话框后，HinIII, location比如填1，--Add site; Eco R I填3,--Add site; Bst填5--Add site;然后点击OK. 在圆上将位点1~5处用鼠标往旁边分别一拖，就可看见这三个位点了。 质粒作图的在线软件PlasMapper2.0 http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper 六、进化树分析软件 MEGA4.0：免费分子进化遗传分析软件 免费下载地址: Vector NTI：商业软件 Vector NTI Suit 同源比较—主窗口 一、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆） 获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。 然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。 再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。 Vector NTI 5.2 中的contig Express Contig Express软件： Sequencer软件： /pub/SequencherPC.zip 举例说明使用 二、DNA序列测定图谱分析 Chromas软件： .au/chromas230.exe 三、限制性核酸内切酶位点的分析 限制性核酸内切酶（restriction endonuclease） 识别DNA的特异序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。即一类能识别双链DNA分子中特异核苷酸序列的DNA水解酶。 是细菌内存在的保护性酶。分为I、II、III三类。 （一）定义： 其中的II类限制性核酸内切酶是重组DNA技术中的重要工具酶。 II类酶识别序列特点为回文结构，大多为 4~6 bp 回文结构（palindrome sequence）， 如EcoRI 识别序列： 5’GAATTC 3’ 5’GGATCC 3’ 3’CTTAAG 5’ 3’CCTAGG 5’ 限制性核酸内切酶命名 Smith和Nathame命名原则（1973） 属名 + 种名 + 株名 + 流水 例如： 流感噬血杆菌d株 （Haemophilus influengae d） Hind Ⅰ  Hind Ⅱ Hind Ⅲ Hind Ⅳ 常用的限制性核酸内切酶酶切序列 限制酶 识别序列及切口 限制酶 识别序列及切口   A