[理学]生物信息学复习课课件.pptVIP

本章要点 生物信息学(Bioinformatics）： 生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释在内的所有方面。他综合的应用数学、计算机科学和生物学的各种工具 ，来阐明和理解大量数据中包含的生物学意义。 人类基因组计划(human genome project,HGP） 是一个国际合作项目，由美国德国法国英国和日本科学家共同参与。其旨在测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个核苷酸序列的碱基组成，从而绘制人类基因组图谱，并且辨识并呈现其上的所有基因及其序列，进而破译人类遗传信息。人类基因组计划是人类为了解自身的奥秘所迈出的重要一步，是继曼哈顿计划和阿波罗登月计划之后，人类科学史上的又一个伟大工程。 系统发育树构建的相关软件(*) ClustalX （序列比对软件） ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件) PHYLIP MEGA PHYML PAUP BEAST Figtree (树形显示软件） TreeView （树形显示软件） 你最害怕考试的内容：薄弱项目，重点看 你最希望考试的内容：优势项目，仔细复习 你要考导师的研究方向：放松时可以关注 你报考院校专业的研究方向：仔细看 历年专业课试题，参考！ 必胜的心态，专注的心理！ 充足的复习时间的保证，有效的休息！ 祝大家考试成功！ 信息位点：能将所有可能的树区别出来的位点。 信息位点是指那些至少存在2个不同碱基/氨基酸且每个不同碱基/氨基酸至少出现两次的位点。 信息位点 (Sites are informative) 系统发育树构建软件 分子进化分析流程 1.获取或选择合适的目标序列 2.序列比对 3.选择合适的建树模型和碱基替换模型 4.树的评估 同源序列 直系同源：具有共同祖先和相同功能的同源基因称为直系同源。 (orthology) 直系同源基因由于物种分化事件产生，因此可以反映物种之间 的进化关系。 直系同源基因是从共同祖先垂直继承，不同物种起的功能相同。 反映物种进化的历史。 如：人α一珠蛋白基因与小鼠α一珠蛋白基因 旁系同源： 由于基因重复事件产生的相似序列。 (paraology) 基因重复，染色体某个位置出现一个基因的两个拷贝。随后， 这两个基因拷贝分别进化。 可以反映基因进化的历史 如：γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因 异同源 ： 由于物种间遗传物质的平行转移，但不包括细胞器和核基因之间 （ xenology) 的转移。 如细菌的转化、结合和转导都是屋中间遗传物质的平行转移。 分子进化分析应首先选择直系同源基因序列 构建种系进化树应首选何种基因？ 同源序列 问题： 直系同源基因？ 并系同源基因？ B基因从物种B水平转移至物种A产生了AB1，AB1的异同源基因？ A和B1，B2 B1，B2 A和B1，B2 2、序列比对_概念 序列比对（sequence alignment） 序列比对也叫对位排列，序列联配、序列对齐 根据特定的计分规则，两个或多个符号序列按位置比较后排列，尽可能的反映序列间的相似性，这个过程称为序列比对。 X:CGATCAG X:CGATCAG Y:CGTCAG Y:CG- TCAG alignment 2、序列比对-种类 成对对位排列和多重序列的对位排列 在序列中搜索一系列单个性状或性状模式可以比较两个（成对对位排列）或更多（多重对位排列）序列 全局和局部对位排列 2、序列比对-种类 全局比对（global alignment)： 待研究序列的全部符号进行比较，最后也是序列的全部符号 进行排列和计分，比对的结果中各序列的长度相同。 采用Needleman-Wunsch 算法 主要优点是适合较短序列或结构预测 局部对位排列（local alignment ）： 待研究序列的全部符号进行比较，最后只将序列中得分高的片段中的符号进行排列和计分，即只对序列的局部区域进行对位排列 如Smith-Waterman算法 主要优点是适合数据库查询或