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生物图像信息学：一个生物工程学的新的研究领域 生物医学工程 支雅男 S10083100009 4 可用的工具 针对以上技术及应用的各个方面，很多工具已经被开发出来。现将一些广受欢迎普遍应用的工具概述如下。 4.1 图像格式及图像的输入输出 显微镜供应商用不同的文件格式来存储他们的未加工的图像数据。此外，用户可以对这些未处理过的或处理过的图像添加元数据【1】 /标签。这对于能够读、写及转换不同文件格式是非常有用的。Image J【2】（/ij/），授权了一些由志愿者提供的免费代码和插件。Image J有能够读和写一些图像文件格式（如Bio-rad PIC文件、Zeiss LSM文件）的能力。 将自己的代码埋入不同的生物图像格式的读/写引擎【3】也是我们期望的。用于输入/输出各种各样的生物图像数据的Java库是BIO-Formates。他可以被用于Image J、Matlab等等。拥有分析各种格式图像的像素及元数据能力，在生物图像信息学上有了一定范围的应用。有时，这些图像，如Zeiss LSM文件，是TIFF【4】图像的变体。因此可以用开放源代码的libtiff库【5】来处理。 【1】元数据 最本质、最抽象的定义为：data about data (关于数据的数据)。它是一种广泛存在的现象，在许多领域有其具体的定义和应用。比如，有一条学生信息记录，其中包括字段姓名（name）、年龄（age）、性别（male）、班级（class）等，那么name、age、male、class就是元数据。通过它们的描述，一条关于学生信息的数据记录就产生。每张图片都有自己的元数据（EXIF信息），记录着所有的包括相片的相机厂商、拍摄日期，修改软件和光圈、速度、补偿、闪光、焦距、感光度以及大小、色彩、亮度等等一系列百多个数据。 【2】ImageJ 是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点， 使得它编写的程序能以applet等方式分发。 ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计， 间距，角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。 【3】引擎 是借用机器工业的同名术语，表明在整个系统中的核心地位。也可以称之为“支持应用的底层函数库”或者说是对特定应用的一种抽象。二维图像引擎（以下简称引擎）是主要使用在二维游戏中，绘制图像，并向外部表达图像的系统。三维引擎需要解决场景构造、对象处理、场景渲染、事件处理、碰撞检测等问题。 【4】TIFF 为图像文件格式，此图像格式复杂，存储内容多，占用存储空间大，其大小是GIF图像的3倍，是相应的JPEG图像的10倍。 TIFF图像格式的特点 (1)应用广泛。①TIFF可以描述多种类型的图像；②TIFF拥有一系列的压缩方案可供选择；③TIFF不依赖于具体的硬件；④TIFF是一种可移植的文件格式。 (2)TIFF具有可扩展性。在TIFF 6.0中定义了许多扩展，它们允许TIFF提供以下通用功能：①几种主要的压缩方法；②多种色彩表示方法；③图像质量增强；④特殊图像效果；⑤文档的存储和检索帮助。 (3)格式复杂。TIFF文件的复杂性给它的应用带来了一些问题。一方面，要写一种能够识别所有不同标记的软件非常困难。另一方面，一个TIFF文件可以包含多个图像，每个图像都有自己的IFD和一系列标记，并且采用了多种压缩算法。这样也增加了程序设计的复杂度。 【5】LibTiff 是负责对TIFF图象格式进行编码/解码的应用库。/ 4.2 图像分析工具 Image J是一个用于生物医学图像处理和测量的基于Java的跨平台工具。不同的开发团体已经开发出了如：“荧光团跟踪”、“灯丝检测”等大量的图像分析工具箱。Image J不止适用于图像的日常查看及小规模的分析应用，同样适用于开展大批图像的大规模分析。ITK 【6】()提供了大量图像分割和注册函数。在这个范畴，相似的工具包含Matlab图像处理工具箱及其他如DIP图像工具箱的第三方工具箱。越来越多的复杂的生物图像分析赋予了这些工具完成重型图像处理的任务。如动物脑三维图像的