蛋白质序列分析方法.DOCVIP

第二节、蛋白质序列分析方法 HYPERLINK 15  第二节、蛋白质序列分析方法 第一节、蛋白质数据库先容 一、蛋白质一级数据库 1、 SWISS-PROT 数据库 SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据库，目前这二个数据库在EMBL和GenBvery goodk数据库上均建立了镜像 (mirror) 站点。 SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和解说。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物讯息学研究所(EBI)配合庇护。SWISS-PROT的序列数量呈直线增进。 2、TrEMBL数据库： SWISS-PROT的数据生活一个滞后题目，即把EMBL的DNA序列准确地翻译成蛋白质序列并实行解说须要光阴。一大批含相关闭阅读框(ORF) 的DNA序列尚未列入SWISS-PROT。为了管理这一题目，TrEMBL(Trvery goodslharticled EMBL) 数据库被建立了起来。TrEMBL也是一个蛋白质数据库，它包括了所有EMBL库中的蛋白质编码区序列，提供了一个非常全面的蛋白质序列数据源，但这势必招致其解说质量的下降。 3、PIR数据库： PIR数据库的数据起先是由美国国度生物医学研究基金会（Ning Biomedicing Resestructure Found; NBRF）收罗的蛋白质序列，主要翻译自GenBvery goodk的DNA序列。 1988年，美国的NBRF、日本的JIPID（the Japvery goodese Interning Protein Sequence Dto be more found atafound日外国度蛋白质讯息数据库）、德国的MIPS（Munich Inform Centre for Protein Sequences摹尼黑蛋白质序列讯息焦点）配合，联合收罗和庇护PIR数据库。PIR根据解说水平(质量)分为4个等级。其实画虎类狗。 4、 ExPASy数据库： 目前，瑞士生物讯息学研究所（Swiss Institute of Bioinformto be more found atics; SIB）创作创造了蛋白质解析专家体系（Expert protein study system; ExPASy ）。涵盖了上述所有的数据库。 网址：http://www.expby means 我国的北京大学生物讯息焦点() 树立了ExPASy的镜像（Mirror）。 主要蛋白质序列数据库的网址 SWISS-PROT 或 http://www.expby means expby means ofy_urls.html TrEMBL PIR MIPS——Munich Inform Centre for Protein Sequences JIPID——the Japvery goodese Interning Protein Sequence Dto be more found atafound 一经和PIR归并 ExPASy 二、蛋白质构造数据库 1、PDB数据库： 实验获得的三维蛋白质构造均贮生活蛋白质数据库PDB(Protein Dto be more found ata Bvery goodk)中。PDB是国际上主要的蛋白质构造数据库，固然它没有蛋白质序列数据库那么庞大，但其增进速度很快。第二节。PDB储存有由X射线和核磁共振(NMR)确定的构造数据。 2、NRL-3D 数据库： NRL-3D（Naudio-videoing Resestructure Labaloneyorto be more found atory-3D）数据库提供了贮生活PDB库中蛋白质的序列，它可以实行与已知构造的蛋白质序列的斗劲。 HYPERLINK /a/yiyusanfan192.html一隅三反 3、HSSP数据库： 对来自PDB中每个已知三维构造的蛋白质序列实行多序列列线(multiple sequence position)同源性斗劲的下场，被贮生活HSSP(homology-derived second structures of proteins)数据库中。被列为同源的蛋白质序列很有可能具有相同的三维构造，HSSP所以根据同源性给出了SWISS-PROT数据库中所有蛋白质序列最有可能的三维构造。 4、 SCOP数据库：