GaussView高级技巧.PDF

GaussView 高级技巧 这是自己以前写的几篇关于 GaussView 使用技巧方面的文章，现在全 部汇总在一起了。 Email: yangwang2008@ 目录 I. GaussView 高级技巧（一）：十个基本高级技巧 II. GaussView 高级技巧（二）：纯手工搭建富勒烯 C20 III. 去掉 GaussView 3.07 启动警告窗口的完整解决方案 IV.在 GaussView 中建立自己的模型面板 V. 让 Gaussian 的优化过程看起来更流畅 附录 1. bmp2xbm 源代碼（C 語言） 附录 2. 点对称操作矩阵一定是正交规范阵的证明 \á Ztâáái|xã vÉÉÄ |Ç à{x ÑÉ|Çà Éy ä|xã Éy ZtâááR 2008 年 11 月 12 日 ~ 1 ~    I. GaussView 高级技巧（一）：十个基本高级技 巧 摘要 本文主要介绍了利用GaussView 分子模型的十个高级技巧，其中大多数技巧是鲜为人知的。 这些技巧的组合能够使 GaussView 发挥巨大威力，可以快速方便地构造出复杂的分子结构。 最后，以构造乙烷的重叠式构象和二茂铁结构为例进一步说明了这些高级技巧的具体应用。 本文主要介绍利用GaussView 构建分子模型的高级技巧，希望对大家有所帮助。 本文所使用的版本是GaussView 3 。 1. 三个变形工具 上图的三个变形工具可以实现平移和旋转分子的某一部分以及断键成键和选择键型 等功能，我们不妨将这些工具依次称为 “键长”、“键角”和“二面角”工具。根据需要 必须适当选择某些原子的移动方式，有 “平移全组”（“Translate group ”，默认）， “平移原子”（“Translate atom ”）和“固定”（“Fixed ”）三种，如下图所示。 2. 添加虚原子定义参考原子或参考旋转轴 在很多场合，我们可以利用添加虚原子X 来定义参考原子或参考旋转轴，然后利 用前述的三个变形工具对分子进行我们想要的操作。一旦操作完成，我们再删除掉原先添 加的虚原子。我们可以用删除工具直接删除（见下图）： ~ 2 ~    但由于虚原子体积很小，有时会被其他原子覆盖，这时无法用删除工具直接删除。 更通用的删除方法是：点击“原子列表”按钮（也可以选择菜单Edit Atom List... ），见 下图。 在弹出的“Atom List Editor ”窗口中选中要删除的原子，然后选择菜单 Edit Delete Atoms Selected 。 3. 利用加氢工具获得最佳成键位置 利用上图的加氢工具可以对某个原子添加一个氢原子。但这个氢原子的成键取向有 时并非我们想要的。解决办法是：既然我们第一个加氢的取向不理想，那么我们就再添加 一个，就这样连续不断地加氢，直到所加的氢原子的位置符合我们需要位置。然后利用删 除工具将前面添加的氢原子全部删除即可。 加氢工具的另一个目的就是为后面添加其他基团做准备。用下面介绍的基团工具点 击氢原子将氢原子取代掉后即可达到在一定的成键方向添加某个基团的目的。 4. 基团取代工具 如上图所示，基团取代工具有：元素基团、环状基团、R 基团、生物基团和自定义 基团。元素基团可以添加或取代各种杂化状态的原子基团，其余各种基团工具则提供许多 常用基团的模板，在此基础上我们可以构建相当复杂的分子。我们可以点击当前基团 （“Current Fragment ”）面板中的“Hot ”位置来选择取代位置，如下图所示。 ~ 3 ~    5. 点群工具 选择菜单Edit Point Group... 即弹出上图的点群工具对话框，选定适当的容差值即 可将分子进行对称化，使分子具有某种点群对称性。点击 “Symmetrize”按钮后，分子就 已经具有相应点群对称性了。如果再选择“Constrain to subgroup ”中的某个点群，则笛卡 尔坐标轴的定向将按照分子的对称轴进行选取，如下图所示。 如果再