第四章蛋白质的三维结构1.ppt

第四章 蛋白质的三维结构 第一节 蛋白质二级结构的定义和类型 第二节 超二级结构 第三节 结构域 第四节 球状蛋白质的三级结构 第五节 球状蛋白质的四级结构 第六节 纤维状蛋白质的结构 第一节 蛋白质的二级结构 二级结构： 蛋白质肽链骨架中局部肽段的稳定构象。是完整肽链构象（三级结构）的结构单元，是蛋白质复杂的空间构象的基础，因此也被称为构象单元。 二级结构的形成： 二级结构的形成几乎全是肽链骨架中的羰基上的氧原子和亚胺基上的氢之间的氢键稳定的结果。 二级结构的类型： ?螺旋、 ?折叠、 ?-转角等。 1. ?螺旋：肽链骨架中第i个羰基上的氧原子和第i+4个亚胺基上的氢原子之间形成氢键。 α- 螺旋 (3.613－螺旋)结构特点： ①螺距5.4 A°,环绕一圈3.6个AA ②φ＝－57°Ψ＝－47°； ③形成链内H键 ④螺旋形成有协同效应 ⑤有左手和右手螺旋，但多是右手螺旋，左手螺旋仅在嗜热菌蛋白中发现 —Asp—Asn—Gly—Gly— 226 227 228 229 鱼血液中的抗冻肽 氨基酸序列影响?螺旋的稳定性 ⑤?螺旋结构的极性： 其它螺旋: γ－螺旋(310－螺旋):为整数螺旋n＝2，Φ＝－49°，ψ＝－26°，通常作为α- 螺旋末端的最后一圈存在.π－螺旋(4.416－螺旋):为非整数螺旋，n＝4，不稳定,仅在过氧化氢酶中发现 2. ?折叠将多肽链组织成片状 b-sheets are almost never flat! 3. ?-转角 4. Ω环 外形与希腊字母“Ω”相似，故称为Ω（ω ）环。 ①由不超过16个残基（一般6~8个基）组成的肽段，尤其以8个残基的小环最多； ②此肽段改变了蛋白质的肽链的走向， （可以看成是转角的延伸） 。 以亲水残基为主，总是位于蛋白质分子表面。 该结构与生物活性有关， 转角与Ω环结构对蛋白质结构与功能都具有重要意义 在蛋白质三级结构中，规正的二级结构通过可变性更大 的部分规正的二级结构连接。 就蛋白质功能而言，蛋白质中规正的二级结构主要是维持蛋白质三级结构轮廓所需的“支架”，最多参与了和其它分子的结合。而直接和蛋白质生物活性有关、有更大活动性的位点绝大多数是有转角和Ω环构成的。 5.“无规则”卷曲 蛋白质中的“无规则”卷曲也是有特定构象的。 对蛋白质结构和功能的意义与部分规正二级结构相仿，对蛋白质多变的立体结构和纷繁的功能有所贡献。 最近已经鉴定到约有百余种蛋白质或结构域中没有规正或部分规正的二级结构，存在的仅是“无规则”卷曲。这类蛋白被命名为“固有的无结构蛋白”（intrinsically unstructured protein, IUP）。这类蛋白质的发现，迫使蛋白质化学家对“无规则”卷曲这种二级结构必须重新评价。 二级结构的可变性 （1）影响蛋白质二级结构改变的因素 A.pH能改变侧链基团的电荷而引起构象的变化B．温度 C．不同溶剂系统D．变性条件 （2）两可肽 　一些肽段形成α－螺旋和β－折叠两种构象的可能性都比较大，而且很接近，对这些既可能形成α－螺旋也可能形成β－折叠的肽段被称为两可肽。 第二节 纤维状蛋白质 纤维状蛋白质分子是有规则的线性结构，其外形呈纤维或细棒状 1.不溶于水的：角蛋白、胶原蛋白、丝心蛋白等； 2.可溶于水的，有肌球蛋白、血纤蛋白原等。  纤维状蛋白质其空间结构比较简单，主要由二级结构组成。其氨基酸聚合成蛋白质的方式有两种，或者是伸展的多肽链（即β-折叠），或者是α-螺旋的多肽链，它们可以彼此缠绕在一起形成纤维状蛋白质。 一、α-角蛋白 多肽链结构由富含α-螺旋的约311-314个氨基酸残基组成的中央棒状区和两侧的非螺旋区构成，α-螺旋的轴向与角蛋白的长向平行。α-角蛋白中富含不溶于水的疏水性氨基酸，并且这些氨基酸的侧链都位于线状螺旋的外周,因此不溶于水。 二、丝心蛋白 属β-角蛋白，具有典型的β-折叠片结构，侧链交替地分布在折叠片的两侧。β-折叠片以平行的方式堆集成多层结构，链间靠氢键连接，层间靠范德华力维系。 丝心蛋白多肽链中很多区段具有下面的氨基酸顺序：-（Gly-Ala）2-Gly-Ser-Gly-Ala-Ala-Gly-（Ser-Gly-Ala-Gly-Ala-Gly）8-Tyr几乎每隔一个残基就出现一个甘氨酸，甘氨酸位于β-折叠片的一侧，丝氨