第八章数量性状的遗传概要.ppt

3、QTL定位的过程 构建作图群体 F2 BC DH RIL 确定和筛选标记 数量丰富、多态性好、中性、共显性 检测每一个体的标记基因型值和数量性状值 测量数量性状 统计分析 * QTL作图的基本原理 分析一个性状与一系列标记之间的连锁关系， 确定存在多少个QTL及在标记图谱上的位置。 特定分离群体中的遗传标记 相应的数量性状观测值 分析连锁关系 如果连锁，可认定在该标记附近存在一个或几个QTL + ↓ ↓ 与质量性状分析不同： 不能直接计算重组率 用统计学方法计算连锁的可能性 依据可能性是否达到某个阈值来判断两者是否连锁，进而确定其位置和效应 程序：Mapmaker/QTL MapManager QTLmapper QTLcartographer * 株号 性状 RFLP标记 生育期/d 株高/cm 颖花数/个 RC573 RG13 RZ70 RG697 RG474 RG435 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 …. 126 107 112 95 115 110 101 119 118 115 104 109 107 114 123 115 127 123 117 121 127 103 116 112 111 115 106 115 123 97 129 356 341 202 285 311 126 237 217 186 330 163 270 314 146 1 2 2 1 3 2 3 2 1 3 2 2 2 3 1 ….. 1 2 1 1 3 2 3 2 2 3 3 2 2 3 1 3 2 1 3 1 1 2 2 3 3 3 3 2 2 3 1 3 2 1 3 2 2 0 0 0 0 2 0 3 0 1 3 1 2 2 1 1 3 2 3 2 2 2 3 1 1 3 1 1 3 2 2 3 2 3 2 2 2 3 1 * 单标记分析法 通过方差分析、回归分析或似然比检验，比较单个标记基因型数量性状均值的差异。存在显著差异说明控制该数量性状的QTL与标记有连锁。 不足：不能确定标记是与一个或多个QTL连锁； 检测效率不高，所需的个体数较多。 不能无偏估计QTL的位置和遗传效应； 方法最简单 每次分析一个标记 不需要完整的连锁图 三、QTL作图的统计方法 * 区间作图法 以正态混合分布的最大似然函数和简单回归模型，借助完整的分子标记连锁图谱，计算基因组的任一相邻标记之间存在和不存在QTL的似然函数比值的对数(LOD值)。 根据LOD值描绘出一个QTL在该染色体上存在与否的似然图谱。当LOD值超过某一给定的临界值时，QTL的可能位置可用LOD支持区间表示出来。 QTL的效应则由回归系数估计值推断。 * 在C256和C449之间存在一个影响玉米产量的QTL 玉米B73×Mol17自交系 ↓ F1×Mol17→BC群体 * 优点： 1.检测效率高，所需的个体数少 2.如果一条染色体上只有一个QTL，可无偏估算QTL的位置和效应 不足： 1.如有多个QTL，估算的QTL位置和效应出现偏差 2.每次检验仅用两个标记，未充分利用其他标记的信息 * 复合区间作图法 多元线性回归与区间作图结合 优点： 1.如果无上位性和QTL与环境互作, 估计渐近无偏 2.充分利用全基因组标记信息,较大程度控制了背景遗传效应,提高了精度和效率 不足： 1.不能分析上位性及QTL与环境互作等复杂的遗传效应 2.需为检验的区间开辟一个窗口,但不易确定窗口大小,过小效率低,过大产生偏差 * 区间作图法定位QTL Q1 36.01cM, 5.635 Q2 44.01cM, 6.561 定位分析得知图距为112cM区段包含2个QTL: Q1----32.7cM,加性效应 2.656 Q2----48.7cM,加性效应 3.74 复合区间作图法定位QTL Q1 34.01cM, 5.524 Q2 44.01cM, 6.351 LOD值较高 QTL位置和效应偏差较小 * QTL定位的应用前景： 1. 对QTL进行精细定位和基因克隆； 2. 由于分子标记辅助选择，提高育种效率； 3. 鉴定与杂种优势有关的标记位点，有效预测杂种优势 目前，QTL定位方法已经成熟，许多作物中都已经构建了分子遗传图谱，一些主要的经济性状，如：产量、品质、抗病和抗逆等都开展了大量的QTL定位研究。这些定位的主要QTL应用： * QTL的普遍性 群体中能检测到QTL的条件： 1)构