(精选)【医学课件课件】蛋白质和蛋白质组分析【精品】教学课件.ppt

软件列表 软件名 说明 网址 Osprey 相互作用网络的可视化系统 http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index PIN 相互作用网络的可视化系统（Yeast) /PIN/ Pajek 专业的大型网络分析软件 http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ Cytoscape 网络数据分析和显示工具 / VGJ 网络画图软件 /department/cse/research/graph_drawing/graph_drawing.html PIVOT 蛋白质相互作用显示工具 http://acgt.cs.tau.ac.il/pivot/ ProViz 蛋白质相互作用显示工具 http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm PIMRider? Hybrigenics公司出的功能蛋白质组软件平台 /pimriderext/common/ Graphlet 用Tcl/Tk写的图形编辑和计算工具 sun.fim.uni-passau.de/Graphlet/ Cytoscape简介 Cytoscape是是一种开源式的互作网络分析及 可视化的软件。它主要功能是展示和检索网络，可视化的方式整合指定数据所对应的网络。其中在连接protein-protein, protein-DNA, and genetic interactions等大型数据库方面很强大。 软件拥有插座式结构，可以将所需要的功能以 ”插头”的形式插入软件实现功能。 Graph(网络) Nodes(分子) edges(interactions) Cytoscape 菜单栏 File：网络文件操作 I.导入网络 Import → Network (multiple file types) Import → Network from table(Text/MS Excel) Import → Network web services 2. Import → Network from table(Text/MS Excel) 磷酸化 去磷酸化 泛素化 糖基化 甲基化 激活 抑制 非直接影响 状态改变 绑定/关联 分裂 复合物 基本流程 序列 ID 标准ID (KO,KEGG GENE) KEGG 工具 画图 blast convert KEGG MAPPER http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html KAAS(KEGG Automatic Annotation Server) http://www.genome.jp/kegg/kaas/ Complete or Draft Genome - KAAS job request (BBH method) Partial Genome - KAAS job request (SBH method) ESTs - KAAS job request (BBH method) - KAAS job request (SBH method) KEGG API 访问KEGG系统应用程序接口 检索和计算生物化学途径 用户程序 (Perl, Java, Ruby, Python) KEGG Web Server API 调用 执行 计算返回结果 KEGG API应用准备之Perl篇 必需的Perl模块 SOAP Lite (推荐0.60版） MIME-Base64 LWP URI 确保能访问KEGG网站 http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual.html Quick Start #!/usr/bin/env perl use SOAP::Lite; # 调用库 $wsdl = ‘http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl’; #wsdl文件路径 $serv = SOAP::Lite-service($wsdl); #建立一个服务 $offset = 1; #参数定义 $limit = 5; #参数定义 $top5 = $serv-get_best_neighbors_by_gene(eco:b0002, $offset, $limit); #调用get_best_neighbors_by_gene，获取与基因eco:b0002比对的最好的基因，从第一个开始，取5个 foreach $hit (@{$top5}) { print $hit-{genes_id1}\t$hit-{gene