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一种新的求解最小生成树问题的DNA算法 　　摘要:基于生化反应的生物智能计算是现阶段计算领域研究的热点,DNA计算是通过DNA分子之间的生化反应来进行计算的一种计算模式,凭借运算巨大的并行性和海量存储的优势,DNA计算在解决复杂运算问题方面的计算能力显而易见。设计了一种利用DNA计算来求解图的最小生成树的计算模型,采用一种特殊的编码方式来对顶点,边和权值进行编码,并且描述了MSTP解的计算过程。 　　关键词:DNA计算;最小生成树;K-臂分子;粘贴模型 　　中图分类号:TP301文献标识码:A文章编号:1009-3044(2010)01-188-03 　　A New DNA Algorithm Solving Minimum Spanning Tree Problem 　　WANG Qing-Hu, ZHENG Hong 　　(Computer Science and Engineering College, Changchun Univ. of Tech., Changchun 130012, China) 　　Abstract: Bio-intelligent computing based on biochemical reactions is a hotspot in recent research of computing field. DNA computing is a computing model by using DNA molecule and biochemical reaction. Because of the advantages of DNA computing, such as parallelism and mass storage, it can be used to solve complex problem. In this paper, a method to solve minimum spanning tree problem based on DNA computing is proposed. The encoding method and solving process are described in the paper. 　　Key words: DNA computing; MST; k-arm molecular; sticker model 　　计算智能是当今国际上迅速发展的前沿交叉学科,它是模拟人的智能行为来进行计算,对于解决不确定、非线性、复杂的各类问题,具有非常广阔的应用前景。尤其自从Adleman提出DNA计算模型以来[1],更加拓展了计算智能的研究领域。DNA计算是一种以DNA链与相关的某些生物酶等作为最基本材料的、基于某些生化反应原理的一种新型的分子生物计算方法。利用DNA计算已经解决很多的NP完全问题,但在图论中对图的最小生成树问题(MSTP)的研究不是很多,本文设计了一种DNA计算模型来解决这个问题,尤其在编码的策略上给出了一些创新的思路。 　　1 DNA计算模型 　　本文提出的MSTP计算模型采用K-臂DNA计算模型,问题的求解过程基于粘贴计算。 　　1.1K-臂DNA计算模型 　　1999年,Jonoska等人提出来的一种DNA计算模型 ― K-臂模型[2]。K-臂模型中所使用的DNA分子为不完全的双链分子,图1描述了1-臂、2-臂、3-臂、4-臂等DNA分子。目前的研究表明,自然界中已经存在类似于K-臂的DNA分子,如Holliday中间体,并且3-臂和4-臂DNA分子比较稳定[3]。 　　从图1中 K-臂DNA分子的结构可以看出,通过连接酶,我们可以利用K-臂(K≤4)DNA分子构造出任意顶点的最大度为4的图。正是利用这一思想,我们用K-臂分子来表示图或树中度为n(n≤4)的顶点的结构,来实现MSTP解的节点结构。 　　1.2 粘贴运算的计算模型 　　在求解最小生成树问题计算模型的编码方案中,使用的DNA分子是由单链和双链进行混合编码的不完全分子,类似于图2的多米诺骨牌,结构中x部分为双链。 　　实验中的生物操作类似于粘贴运算,粘贴运算实质就是在连接酶的作用下进行不完全分子的连接,这里我们给出粘贴运算的连接结构图,如图3所示。在粘贴计算中,基本的生物操作是合并、分离、设置与清除[4]。 　　2 问题描述 　　最小生成树问题是图论中相当重要的、基本的问题,它常用于网络规划中,尤其在求解实际问题或其它复杂性问题中具有相当广泛的应用,比如其在网络设计中的应用。当前求解图的最小生成树问题普遍使用贪婪算法,其中Kruskal算法较为常用。图的最小生成树问题可以描述如下: 　　给定连通图G =(V; E),其中V