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生物信息学分析方法介绍 葡萄基因查询与分析 引言 20世纪后叶现代生物科学尤其是分子生物学取得了一系列突破性成就，使得生命科学在自然科学体系中的位置发生了革命性的变化，成为21世纪的带头学科。 葡萄作为世界第二大水果，葡萄不仅有许多优良的生产特点，而且独具很多生产发展优势。一旦数据库中拥有了葡萄全基因组参考序列信息，再对其不同种的重测序就将变得十分便捷和廉价。这将为生物科学家揭示各种生物体遗传、发育、疾病、进化的机制打开科学之门。 基础知识 常用氨基酸密码 5到3 ： 起始密码ATG 终止密码TGA TAA TAG 3到5 ： 起始密码CAT 终止密码TCA TTA CTA 反向互补 工具网站 葡萄基因检索对比网站 s.fr/cgi-bin/blast_server/projet_ML/blast.pl 翻译工具 /translate/ 功能分析工具 /scanprosite/ 在NCBI中搜索目标基因 在此输入 如搜索CO基因 选取目标功能区 在筛选结果根据该物种于目标物种（如葡萄）亲缘关系（如同界，同科） 直接选取CDS区，复制于word文档下待用 或在Analyze this sequence下，点击Run BLAST对比寻找，然后选取CDS区，复制于word文档下待用 如仍未找到合适的目标区段，则重复第1步 多次筛选找到合适的目标CDS区，复制于Word下，去除数计，标明物种来源和发布机构 在葡萄基因网站下贴入基因片段进行比对分析 对比分析 根据我们筛选的基因区段于葡萄基因库对比分析结果 一般似度大于200至少在80以上 如果存在，记录基因号以及具体区段号码 然后在葡萄基因网站下的Browser中检索出对比过的葡萄基因片段，复制语翻译工具中翻译 基因扩增 点击扩增 翻译 在此贴入 （基因序列） 筛选 筛选依据 选择右上方mRNA 物种 核酸或核苷酸长度 提交机构 翻译结果 起始与终止密码获取技巧 采用反复翻译法 将基因片段直接贴入翻译工具中翻译，三个碱基翻译一个蛋白质，需要注意的是明确翻译方向和翻译起始位。先跟据翻译结果粗略的剪切（Ctrl+X）,此处不能直接删除，运用剪切如果剪切过多可以复制（Ctrl+V）恢复原序列。如此重复剪切1—3次，此时翻译结果中距离起始或终止密码只剩个数位的蛋白质，数清蛋白质个数然后乘以三，进行精确删除。 最后根据翻译方式和起始和终止密码，在开始或末尾删除多余的一个或两个碱基，得到准确的基因序列。 翻译区段处理 翻译方式 53 Frame 1 53 Frame 2 53 Frame 3 35 Frame 1 35 Frame 2 35 Frame 3 寻找起始密码Met和终止密码Stop，如在任意翻译方式中同时存在起始和终止密码，且翻译区段有一定长度。则原网页返回改用第二种翻译方式，然后选取翻译区段复制于功能分析网站，进行可行性分析。 如果翻译序列中一端缺少起始或终止密码，则在葡萄网站中向前或向后扩展，常扩展数为300，然后继续翻译和可行性分析。 可行性分析 在此贴入 分析结果处理 如果有功能区，则留用该基因，并且删除无用的葡萄基因序列，复制删后的基因片段属于葡萄基因网站确定基因准确位置 整理葡萄基因位置，具体区段碱基序列，翻译的蛋白质序列和可行性分析图于文档中保存。