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为什么要学软件 生物学研究的目的 = 解释生物学现象及意义 拿到的数据 = 不直观的字符 从数据到形成理论，需要软件来帮助实现 常用软件类型 基因组序列分析、序列比对软件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） 系统发育树构造软件（PHYLIP、PALM、MEGA4等） 分子动力学模拟软件（GROMACS、NAMD等） …… 怎样选择软件 功能类似的软件数不胜数，每一个都要试试？ 综合应用软件 综合应用软件功能多样，可以用于序列比对，PCR引物设计，限制性酶切分析，质粒绘图，蛋白分析等等。 DNAMAN EMBOSS Eprimer3设计引物 作业 自选序列，用mega做一个系统发育树 作业请交至邮箱 swxxpx2015@126.com 邮件名及压缩包名均为：第三次作业-名字 谢谢大家 eprimer3?G:\seq.fa?G:\a.txt??-mintm?55.0?-maxtm?60.0?-mingc?40.0?- maxgc?60.0??-productsizerange?100-200?-productosize?120?- numreturn?10 王双双 2015年9月16日 生物信息常用软件 序列比对 1 全局比对 衡量两条序列整体的相似性，即寻找一种联配方式，使整体相似性最大化。 Clustal，muscle，hmmer 2 局部比对 不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最优匹配。 BLAST,BLAT CLUSTALX Clustalx初始界面 上传序列文件：点击file下拉菜单，选择load sequences。 序列加载完成的界面 进行多序列联配 选择输出路径→ 比对结果 .aln结果文件 .dnd文件：可选择不同的树形图 BLAST 序列中可能包含一段着一段短的精确匹配的区域，或者分数非常高的一段联配区域。寻找这样的区域，然后向首尾两端延伸，找到完整的联配。 NCBIblast下载： /blast/executables/blast+/LATEST/ Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz 安装： 解压：tar –xvzf Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz Blast类型 Blastp：蛋白质序列与蛋白库比对 Blastx：核酸序列与蛋白质库比对 Blastn：核酸序列与核酸库比对 Tblastn：蛋白序列与核酸库比对 Tblastx：核酸序列与核酸库在蛋白级别比对 Blast的本地运行 1 建库 ./makeblastdb -in 库文件路径名+文件名 –dbtype nucl(pro) –title 库名称 –out 输出路径+库名称 2 序列比对 ./blastn –query 路径和文件名 –db 库路径和名臣 -task blastn –num_threads n –dust no –outfmt n –out 输出路径和文件名 3查看帮助文件 ./blastn -h Blast输出类型 sim4 将表达序列与同物种或相近物种的基因组序列进行对比，进而确定基因结构。 下载：/html/docs/sim4.html 页面提供安装步骤： 解压 gunzip sim4.tar.gz | tar -xvf – 进入解压文件夹 cd sim4.* 编译 make 使用及输出结果 Sim4 file1 file2 outfile 构建系统发育树