第九章-生物分子网络与通路.ppt

* 典故出自荷马史诗《伊利亚特》（The Iliad）。特洛伊战争中，希腊联军阵营最骁勇善战的一支军队the Myrmidons是由Achilles率领的。Achilles在出生时，他的母亲Thetis替他做过特殊处理，因此全身刀枪不入。?　　Thetis是海中女神，天神Zeus和海神Poseidon对她都有意思，可是都不敢要她，因为命运注定她所生的儿子会比父亲更厉害。最后她下嫁凡人Peleus国王，生下Achilles之后，抱着他来到Styx河边来泡水，使他刀枪不入。可是因为手捏着他的后脚跟没泡到水，因而成了唯一的弱点。?　　特洛伊城50个王子之首的Hector是维持特洛伊不倒的人物。他虽勇敢，可是最后面对Achilles决战时，仍被追着绕了城墙好几圈才敢停下来作战。在民间戏剧中，往往把Hector描绘为爱吹牛的角色，所以英文中有hectoring一词表示“大吹大擂”、“说大话”。?　　Achilles于杀死Hector之后，亦被特洛伊城的巴里斯王子（Paris）一箭射中后脚跟而阵亡。后人即以Achilles’ heel表示“致命伤，最大的弱点 * 模块性 模块（module）是指一组物理上或功能上连接在一起的、共同完成一个相对独立功能的节点。 例如：相对固定的蛋白质-蛋白质和蛋白质-RNA联合体（物理模块）就是许多基本生物功能的核心。 一个细胞中的绝大多数分子或者是具有模块化活动的一个细胞内的联合体的一部分（如核糖体），或者是参与到一个功能上更广的模块以作为一个相对独立过程的调控单元（如信道中的信号放大）。 工具和度量 网络模块化？ 模块及模块 间的关系 模块辨别？难或易 网络模体 近期研究表明，模体(motif)可能是复杂网络的基本模块。 单个模块出现的前提：具有高聚类性的网络在局部可能包含各种由高度连接的节点组构成的子图（subgraph）。 如三角形，正方形和五角形，其中一些子图所占的比例明显高于同一网络的完全随机化形式中这些子图所占的比例。 这些子图就称为模体。 网络模体 网络的层次性 生物网络的动态性 生物网络的动态性 生物网络的保守性 第四节 生物分子网络的重构和应用 Reconstruction and Application of Biomolecular Network 生物分子网络的重构和应用 网络数据结构 在计算机中，存储网络的数据结构有很多形式，其中最常用的是连接矩阵表示法和边列表表示法。 网络的数据结构 基因共表达网络重构方法 为了完整系统地展示和分析基因间的共表达关系，可以构建基因表达相关网络。 利用基因表达谱计算表达相关矩阵 选定阈值，获取显著相关的基因对 构建基因表达相关网络 其他方法：WGCNA /horvath/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/ 转录调控网络的重构 转录调控网络中的节点包括转录因子和受控基因，如果受控基因的产物也是转录因子，往往会将受控基因及其产物视为同一个节点。 由此，基因调控网络是一个有向网络，每条边由转录因子指向受控基因。 从重构的方式来看，基因调控网络包括基于原始数据的网络和基于表达数据的网络。 基于原始数据的转录调控网络 基于表达数据的转录调控网络构建 基于布尔网络 基于线性组合模型 在这种基因相互关系表示形式中，还可以增加一个常数项，反映一个基因在没有其他调控输入下的活化水平。 蛋白质互作网络重构 蛋白质网络的可靠性分析 基于蛋白质网络的蛋白功能预测方法 模序的搜索和分析 基于拓扑属性的分析 第五节 生物通路的重构和应用 Reconstruction and Application of Biological Pathway 生物通路的重构 生物网络分析工具介绍 Cytoscape Cfinder Mfinder BGL工具箱 SubpathwayMiner Cytoscape Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。 它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。 它可以通过插件扩展，为了适应快速发展的附加的计算分析和和其他功能。 Cytoscape的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也就是边?。 Cfinder CFinder是一种基于全面连接搜素方法（the clique percolation method，CPM）的网络秘密集团模块搜索和可视化分析软件。 它能够在网络中寻找指定大小的全连集，并通过全连接集中共享的节点和边构建更大的节点集团。 软件中可以使用以制表符分割的文本文件作为输入。 算法主要针对无向网络，但也包含对有向网络的一些处理功能。 / mfinder 网络motif发现算法的最