第2章 蛋白质分子的立体结构原理.pptVIP

第二章 蛋白质分子的立体结构原理 一. 蛋白质结构的基本单元 构成蛋白质的20种氨基酸 天然的蛋白质分子由20种氨基酸构成.每种氨基酸都是α-氨基酸. 有不同的方法分类氨基酸,其中一种方法是将氨基酸分为:疏水氨基酸、带电氨基酸、极性氨基酸。 氨基酸既可用三字母表示，也可用单字母表示。 2.蛋白质的多肽链状结构 多个氨基酸以肽键连接起来就形成多肽链.在每一个肽键中,C-N键不是普通的单键,而具有部分双键的性质. 一般情况下,肽键的C=O和N-H两个基团呈反式排布,只有当C-N键的N由脯氨酸提供时,才是顺式排布. 3. 二硫键 二硫键是由两个半胱氨酸氧化连接起来的,它是肽链互相铰链或成环的重要共价键. 二硫键的形成可以使蛋白质分子稳定,因此,在蛋白质工程中,可以通过引入工程二硫键而改造蛋白质分子. 4. 肽单位 下面是蛋白质肽链的主链: 肽单位 肽单位的立体化学性质： 肽键具有部分双键性质,不能自由旋转; 肽单位是刚性平面结构,六个原子(C、C、N、C、O、H）都在同一个平面上。 C=O和N-H两个基团呈反式排布,只有极少数例外. 5. α－碳原子的二面角 在肽单位中, α－碳原子左边的N-C键是普通的单键，可以自由旋转，其旋转的角度用Φ表示. α－碳原子右边的C-C键是普通的单键,也可以自由旋转,其旋转的角度用Ψ表示.Φ和Ψ合起来称为α－碳原子的二面角. Φ和Ψ都可以在?180度之间旋转.从α-碳原子上看,单键沿顺时针方向旋转时,其转过的角度是正的.单键沿反时针方向旋转时,其转过的角度是负的. α-碳原子的二面角 6.非键合原子之间的最小接触距离 键合原子:肽链上彼此用共价键连接的原子. 非键合原子:肽链上彼此不用共价键连接的原子. 键合原子与非键合原子 α-碳原子的二面角旋转时,会带动其它原子和相应的基团一齐转动,因而使肽链上处于不同位置上的非键合原子之间的距离发生改变.旋转的结果,有些非键合原子之间的距离大了,有些非键合原子之间的距离变小了.这样就导致肽链构象的改变. 若两个非键合原子之间的距离太小,两个原子就会产生推斥力,使距离变大. 科学家Ramachandran研究了非键合原子之间的距离对构象的影响,提出了各种非键合原子之间距离不能小于某种数字,这个数字称为非键合原子之间的最小接触距离. 两个非键合原子之间的距离若大于最小接触距离,这种构象允许存在,若小于最小接触距离,这种构象不允许存在. 7. Ramachandran 图 Ramachandran将二面角Φ的角度为横坐标,以Ψ的角度为纵坐标作图,所得到的图形叫Ramachandran图,也叫典型构象图. Ramachandran图 Ramachandran图的分区: 1)实线封闭区(深颜色区):也叫允许区,在这个区域内的构象都是立体化学上允许的,因而是稳定存在的. 2)虚线以外区(没有颜色区):也叫不允许区,在这个区域内的构象都是立体化学上不允许的,因而是不能存在的. 3)虚线封闭区(淡颜色区):也叫部分允许区,在这个区域内的构象都是立体化学上可以允许的,但不稳定. 常见蛋白质构象的分布 8.影响蛋白质空间结构的主要因素 1)氨基酸侧链的疏水性 疏水氨基酸侧链集中在一起形成疏水核心,使肽链形成球形. 2)范得华力 是万有引力的一种.分子中每一个原子与其它原子之间都有范得华力,维持着分子的稳定. 3)偶极相互作用 由分子中带有极性基团的氨基酸引起,这种基团的电荷分布不均,使分子形成偶极相互作用,这是分子稳定的因素. 4)静电相互作用 有些氨基酸带正电,有些带负电,电荷互相吸引或推斥,使分子形成特定构象. 5)氢键 有两类:链内氢键由同一条肽链不同部位的C=O和N-H基团形成; 链间氢键是由不同肽链之间氨基酸侧链形成的. 两种氢键对构象形成都起重要作用. 6)熵效应 若蛋白质在油中溶解,其分子构象肯定与在水中的构象是不同. 二. 蛋白质的二级结构 (一) 螺旋体结构 螺旋体构象是指肽链的主链骨架围绕着中心轴一圈一圈地上升所形成的构象. 整数螺旋:每圈螺旋包含的氨基酸残基数是整数的螺旋. 非整数螺旋:每圈螺旋包含的氨