昆虫分子鉴定技术讲解简介.ppt

DNA条形码技术在昆虫学中的应用 在应用昆虫学中的应用 保护生物学：此外，为执法部门的科学执法提供了强有力的保障，如利用DNA条形码还可以及时地检查出非法交易中受保护的濒临灭绝昆虫，如由鸟翼凤蝶 Ornithoptera spp．制作的装饰品和一些珍惜鞘翅目昆虫标本。 医学昆虫学：为研究关于吸血性昆虫与其脊椎动物寄主的相互关系提供了一个快速通用的鉴定工具。如选取蚊、库蠓、锥猎蝽吸食的血液，结果鉴定出将近40种脊椎动物寄主，包括23 种鸟类、16 种哺乳动物以及1 种爬行动物。 3、相关争议问题 抛弃传统分类方法，会造成分类学的倒退，分类学有可能又回归到依据单一性状进行分类的类型学。DNA 分类只是部分科学家的一厢情愿，并没有多少实际意义。仅用DNA 序列作为分类依据，会丧失很多有用信息，特别是颠覆了传统意义上的物种认知，使人们对物种的理解变成了抽象的代码。 3.1 DNA条形码与DNA分类的关系 目的不同： DNA条形码基于DNA序列之间的相似度进行物种鉴定，注重实效，而不是构建生命树或进行系统发育研究。而DNA分类则是要建立一个单独依靠DNA序列的分类系统（不依赖形态特征，能排除人为因素，更为客观，更接近物种的自然属性；为物种鉴定提供平台的同时，还需要进一步探讨物种的系统发育、高阶元分类地位等深层次的内容）。 关于DNA条形码与分类学的关系，应是把条形码定义为一个有前途的技术工具，其作用应该是服务于分类学而不是取代分类学。 3.1 DNA条形码与DNA分类的关系 所用基因不完全相同： DNA 条形码强调用统一的基因序列进行鉴定（解决一些特殊类群，或处理一些特殊情况如假基因、基因交流等时，需要再加一条候补基因）；在DNA分类中，对于长度仅为658 bp的cox1基因来讲，所包含的信息量并不足以很好的解决物种的系统发育等问题。要进行更深层次的分类工作。一般仍需要再加至少一条其它区域的DNA序列（核基因），甚至还需要附加其它的性状（生态学、行为学等）来进行辅助研究。 分析方法不完全相同：虽然 DNA 条形码主要用系统发育分析常用的树来做分析，但仅仅是为了验证物种的单源性和聚类关系，通常要求所用分析方法简洁、快速（这些树不能看做系统发育树）。而 DNA分类为了解决系统发育与高级阶元分类关系等问题，针对 DNA 序列的特点，可能要用到多种软件、多种算法构建系统发育树，运算耗时较长。 3.2 物种概念的定义 “生物学物种概念”（Mayr）：对于有性生殖生物而言，物种是一个具有共同基因库、与其它类群之间存在生殖隔离的类群。 物种形成是一个渐进的过程，何时确定为新物种形成，在分类实践中难以操作；物种形成是对不同自然环境或性选择的分化适应，生殖隔离是这种分化适应的副产物，因而没有必要将生殖隔离作为物种形成的绝对标准。 DNA条形码：种内种间的线粒体cox1基因差异存在一个阈值（约2-3%）。（但在实际研究中，许多类群存在种内种间线粒体基因序列差异重叠的现象，而且各类群、谱系之间的阈值也不相同）。物种的形成是一个动态的、连续的过程，单用种内种间差异来进行物种定义不能准确将其表达。 3.3 DNA条形码面临的问题 进化速率：不同生物中的进化速率并不一致。太慢，则难以鉴别物种。 假基因干扰：核内的线粒体基因拷贝（ NUMTs）会影响DNA条形码的准确性。 种间线粒体基因交流：线粒体基因属于母系遗传，所以可能会出现一些导致错误鉴定的现象。（种间杂交和内共生体感染，杀雄微生物和细胞质不亲和共生菌。沃尔巴克等内共生菌的存在，造成寄主mtDNA多态性降低或提高，从而影响DNA条形码及系统发育研究。） 取样的问题：浸泡标本给取样带来了困难，个体很小的标本，DNA提取将会完全破坏标本（微型条形码）；取样的范围过小和不均匀，会出现种内种间有差异阈值的现象存在（如果增加地理种和近缘种的干扰，DNA条形码鉴定的准确率就会下降）。 分析方法：DNA 条形码一般采用K-2-P模型（遗传距离值很小时的最佳模型，生物条形码联盟 ( CBOL) 推荐使用的遗传距离计算模型）计算种内种间距离。所用的系统发育分析方法有 NJ、UPGMA（非加权组平均法）、ML、MP、贝叶斯（BI）等。 wdd@ 2016-5-31 一、昆虫主要的分子鉴定技术 1、分子鉴定技术的必要性 昆虫已命名100多万种，占动物界已知种类的2/3。 自林奈创立双名法近250年来，仅有100多万个昆虫物种被命名，而昆虫数量巨大（1000-2000万未鉴定），单靠专业的经典分类学家命名，几乎是不可能完成的任务。 以平均一个经典分类学家一生鉴定 1000 个物种的标准来计算，需要1万多个经典分类学家同时参与完成。 一、昆虫主要的分子鉴定技术 1、分子鉴定技术的必要性 由于经典分类学方法具有局限性（专业技术要求高