第1,2章生物分子网络方法及其在系统生物学中的应用.pptx

生物分子网络 方法及其在系统生物学中的应用;前 言;本书内容：本书全面介绍了在现有实验数据基础上,对细胞系统中生物分子网络进行建模、推断和分析,特别强调网络、系统、集成和工程方面的内容.涉及到的每一个主题都有详细的生物学问题和新的计算方法. 从生物学的观点来看,这本书,基于作者在研究生物分子网络的工作和经验,描述了许多与生物分子网络有关的研究课题,深入分析了许多真实的例子,并详细描述了最新的趋势,如基因调控网络、转录调控网络、蛋白质相互作用网络、代谢网络、信号转导网络,及这些网络集成而构成的异质网络.;另一方面,从计算的角度,本书包含了几个领域里面的理论或计算方法,如优化,微分方程,概率论,统计图理论,复杂系统,网络分析,统计热力学(thermodynamics),图形建模,机器学习等.;第一章 介绍;细胞膜：又称细胞质膜（plasma membrane）.细胞表面的一层薄膜.有时称为细胞外膜或原生质膜.厚度约为7～8nm,细胞膜的化学组成基本相同,主要由脂类、蛋白质和糖类组成.各成分含量分别约为50%、40%、2%~10%.;染色体：细胞内具有遗传性质的遗传物质深度压缩形成的聚合体,易被碱性染料染成深色 ,所以叫染色体；其本质主要是脱氧核糖核酸（DNA）和蛋白质的组合（即核蛋白组成的）,不均匀地分布于细胞核中 ,是遗传物质的主要载体,但不是唯一载体（如细胞质内的线粒体）.;基因组,Genome,一个细胞或者生物体所携带的一套完整的单 倍体序列,包括全套基因和间隔序列.可是基因组测序的结 果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分.因 此,基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列 在内的全部DNA分子.说的更确切些,核基因组是单倍体细 胞核内的全部 DNA分子.线粒体基因组则是一个线粒体所包 含的全部DNA分子.叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的 全部DNA分子.;结构基因(基因中编码RNA或蛋白质的碱基序列) (1) 原核生物结构基因：连续的,RNA合成不需要剪接加工; (2)真核生物结构基因：由外显子（编码序列)和内含子（非编码序列)两部分组成.;非结构基因(结构基因两侧的一段不编码的DNA片段(即侧翼序列),参与基因表达调控) (1)顺式作用元件：能影响基因表达,但不编码RNA和蛋白质的DNA序列； 启动子：RNA聚合酶特异性识别结合和启动转录的DNA序列.有方向性,位于 转录起始位点上游. 上游启动子元件：TATA盒上游的一些特定DNA序列,反式作用因子可与这 些元件结合,调控基因的转录效率. 反应元件:与被激活的信息分子受体结合,并能调控基因表达的特异DNA序列. 增强子：与反式作用因子结合,增强转录活性,在基因任意位置都有效,无 方向性. 沉默子：基因表达负调控元件,与反式作用因子结合,抑制转录活性. Poly(A)加尾信号：结构基因末端保守的AATAAA顺序及下游GT或T富含区,被多 聚腺苷酸化特异因子识别,在mRNA 3′端加约200个A. (2)反式作用因子：能识别和结合特定的顺式作用元件,并影响基因转录的一类 蛋白质或RNA;真核生物和原核生物之间的区别导致了这两种生物体中许多细胞构建块和生命过程的巨大差异.但是真核细胞和原核细胞都含有一个具有遗传性物质的的核区域.;DNA是几乎所有生物体的遗传物质.大多数DNA位于细胞核中,但线粒体中也可发现少量DNA.DNA是四种化学上不同的核苷酸(由三部分组成：脱氧核糖(一种由五个碳原子的标记的糖从1到5),磷酸基团的糖碳的,和一个含氮碱基)的线性聚合体.;RNA也是一个多聚核苷酸,其结构类似于DNA,除了两个主要的差异：(1)在RNA核糖核苷酸糖而不是脱氧核糖;(2)RNA含有尿嘧啶(U)代替胸腺嘧啶(U).RNA通常是单链的,但是其中的碱基在基因表达的时候也是可以配对(A-U、G-C)折叠形成具有特定功能的RNA.;遗传信息的传递;1.1.1 DNA 复制过程(DNA Replication Process );1、DNA的复制的定义、时间、场所、条件;1.1.2、1.1.3 基因表达： 转录( Transcription)和翻译(Translation)过程;ks5u精品课件;翻译过程完成后,基因表达完成.基因表达的最终产物是蛋白质.翻译后产生的蛋白质仍然需要多种的化学修饰(如降解、硝基化、二聚化和磷酸化)才能成为一个成熟的、活跃的、和功能