生物信息学分子进化与系统发育分析.ppt

生物信息学 第六章 分子进化与系统发育分析 生物学家：We have a dream… 1. Tree of Life: 重建所有生物的进化历史并以系统树的形式加以描述 梦想走进现实：How? 1. 最理想的方法：化石！—— 然而…零散、不完整 第三种方案：分子进化 1. 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； 2. DNA RNA: 4种碱基；蛋白质分子：20种氨基酸； 3. 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子； 4. 基本假设：核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息； 分子进化的模式 1. DNA突变的模式：替代，插入，缺失，倒位； 2. 核苷酸替代：转换 (Transition) 颠换 (Transversion); 3. 基因复制：多基因家族的产生以及伪基因的产生； A. 单个基因复制 – 重组或者逆转录； B. 染色体片断复制； C. 基因组复制； (1) DNA突变的模式 (2) 核苷酸替代：转换 颠换 1. 转换：嘌呤被嘌呤替代，或者嘧啶被嘧啶替代； 2. 颠换：嘌呤被嘧啶替代，或者嘧啶被嘌呤替代； 基因复制：单个基因复制 基因复制：染色体片段复制 基因复制：基因组复制 分子进化研究的目的 1. 从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life; 物种分类； 2. 大分子功能与结构的分析：同一家族的大分子，具有相似的三级结构及生化功能，通过序列同源性分析，构建系统发育树，进行相关分析；功能预测； 3. 进化速率分析：例如，HIV的高突变性；哪些位点易发生突变？ (1) Tree of Life: 16S rRNA Out of Africa (2) 同源性分析-功能相似性 Ortholog (直系同源物)：两个基因通过物种形成的事件而产生，或，源于不同物种的最近的共同祖先的两个基因，或者两个物种中的同一基因，一般具有相同的功能。 Paralog (旁系同源物)：两个基因在同一物种中，通过至少一次基因复制的事件而产生。 Xenolog (异同源物)：由某一个水平基因转移事件而得到的同源序列。 Convergent evolution: 通过不同的进化途径获得相似的功能，或者，功能替代物。 趋同进化：Langur 同源关系的分析 1.直系同源物的确定：Reciprocal Best Hits; 2. 旁系同源物的确定：BLAST，序列比对及数据库搜索，至少存在一个共有的功能结构域； 3. 整体分析/蛋白质家族分析：系统发育树的构建； Reciprocal Best Hits (3) HIV protease: 高突变性 Ka/Ks 1, 强的正选择压力，具有很高的可突变性 本章内容提要 1. 密码子偏好及相应分析； 2. 氨基酸序列的进化演变； 3. DNA序列的进化演变； 4. 同义与非同义的核苷酸替代； 5. 系统发育树的构建； 6. 分子钟与线性树； 7. MEGA软件的使用； 第一节 密码子偏好及相应分析 1. 密码子(codon): 在随机或者无自然选择的情况下，各个密码子出现频率将大致相等。 2. 密码子偏好：各个物种中，编码同一氨基酸的不同同义密码子的频率非常不一致； 3. 可能的原因：密码子对应的同功tRNA丰度的不同。 标准密码子 大肠杆菌RNA聚合酶 大肠杆菌RNA聚合酶 (2) 1. 密码子偏好非常明显；例如 2. 同为编码Phe的同义密码子UUU和UUC，二者出现的次数显著不等，UUU(15次)，UUC(44次)； 3. 再如：编码Arg的四个密码子CGU, CGC, CGA, CGG, 出现次数分别为：89，46，1，0. 4. 提示：对应CGG的同功tRNA可能不存在！ tRNA Anticodon 1. 每一个密码子，对应一个tRNA； 2. tRNA通过Anticodon来识别codon,联系mRNA和氨基酸序列的合成； 3. 密码子的使用偏好：由密码子对应的tRNA的进化及丰度来决定。 碱基出现的频率 1. 假如：每个核苷酸位点上的替代是随机发生的，则A,T,C,G出现的频率应该大致相等； 2. 实际情况：DNA受到自然选择的压力，各个位点的碱基出现频率并不相等； 3. 需要解决的问题： A. 每个位点上受到什么样的选择压力？ B. 各个位点的碱基频率反映了什么样的规律？ 4. 表征/统计的方法：计算G+C的含量，并进行比较； 分子进化的理论 1. 阳性选择，适应性进化，达尔文进化：DNA分子显著出现非同义替代，改变编码蛋白质的氨基酸组成，并产生新的功能； 2. 阴性选择，净化选择：DNA分子的同义替代显著，较少改变蛋白质的氨基酸组成，其原来的功能高度保守； 3.