表观遗传学根本基础.pptVIP

表观遗传学Epigenetics;表观遗传学的形成;表观遗传学的形成;研究表明，在DNA之中或者之外存在更高的遗传信息，主要包括非编码RNA、DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重塑。 表观遗传学定义：在不改变基因DNA序列的情况下，基因功能发生可遗传的遗传信息变化，并最终导致可遗传的表型变化，而且这种改变在发育和细胞增殖过程中能稳定传递且具有可逆潜能。 表观遗传学信息，它决定了何时、何地、以何种方式去应用遗传信息的指令。;可遗传性：可通过有丝分裂或减数分裂在细胞或者个体世代间遗传； 可逆性的基因表达调节（基因活性或功能改变） 没有DNA序列的变化或不能用DNA序列变化来解释;转录过程中的调控： 1. DNA 甲基化 (DNA methylation) 2. 组蛋白共价修饰 (histon modification) 3. 染色质重塑 (chromation remodeling) 4. 基因组印记(genomic imprinting) 5. RNA编辑 (RNA editing) 6.基因沉默 (Gene silencing )………… 转录后的调控： 1. 非编码RNA(Non-coding RNA) 2. 微小RNA(micro RNA) 3. 反义RNA 4. 核糖开关 5. ………… ;定义：DNA甲基化是指在甲基化酶的作用下，将一个甲基添加在DNA分子的碱基上。 部位：DNA甲基化的部位通常在启动子区域CpG岛的胞嘧啶形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)，也有少量N6-甲基腺嘌呤(N6-mA)和7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。 ;催化DNA甲基化的生物酶 甲基化维持酶：在每个DNA复制周期，DNA甲基化的保持是维持甲基化活性所必须的。DNA甲基转移酶（DNMT）是在复制结束后，DNMT1对子链进行甲基化，也即是复制过程中子链的甲基化模式的保持。 重新甲基化酶：DNMT3A, DNMT3B 都是重新甲基化酶负责无甲基化DNA双链上进行甲基化和发育需要的重新DNA甲基化。;DNA甲基化的检测方法 同裂酶：在测序方法发明之前，人们常常利用甲基化敏感的同裂酶检测DNA甲基化程度。缺点就是少于5%的甲基化胞嘧啶被错估在给定的DNA序列中。 亚硫酸盐修饰方法：经过亚硫酸盐修饰后，未甲基化的胞嘧啶转变成尿嘧啶，而发生甲基化的则不转变 甲基化特异PCR(methylation-specific PCR, MSP)：MSP法的优点在于积极显示甲基化的胞嘧啶，以及描绘出给定DNA序列的整体甲基化状态。它将DNA先用重亚硫酸盐处理，这样未甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶，而甲基化的不变，随后行引物特异性的PCR。MS-PCR中设计两对引物，并要求：1.引物末端均设计至检测位点结束；2.两对引物分别只能与重亚硫酸盐处理后的序列互补配对，即一对结合处理后的甲基化DNA链，另一对结合处理后非甲基化DNA链。检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能扩增出片段，则说明该被检测的位点存在甲基化；若用针对处理后的非甲基化DNA链的引物扩增出片段，则说明被检测的位点不存在甲基化。下图是MSP的原理图。 ;DNA甲基化的检测方法 甲基化DNA免疫免疫沉淀法: 由于高通量技术，全基因组及芯片平台技术应用于肿瘤中特定的甲基化类型检测。methylated DNA immunoprecipitation MeDIP 是一种富集DNA的方法。它依据的原理是基因组DNA可以被超声波裂解而随意进行修剪，同时被特异性5-甲基胞苷的抗体免疫沉淀。它可以用来测定整体基因组甲基化程度以及鉴别异常甲基化基因。 甲基化CpG岛扩增：是基于在甲基化敏感性酶如仅在未甲基化位点进行剪切，在胞嘧啶于鸟苷酸间留下平端Sam I酶对基因组DNA的消化作用一种方法。;染色质是由组蛋白和DNA组成的。 ;组蛋白修饰是表观遗传研究的重要内容。 组蛋白的 N端是不稳定的、无一定组织的亚单位，其延伸至核小体以外，会受到不同的化学修饰，这种修饰往往与基因的表达调控密切相关。 被组蛋白覆盖的基因如果要表达，首先要改变组蛋白的修饰状态，使其与DNA的结合由紧变松，这样靶基因才能与转录复合物相互作用。因此，组蛋白是重要的染色体结构维持单元和基因表达的负控制因子。 ;组蛋白修饰种类 乙酰化-- 一般与活化的染色质构型相关联，乙酰化修饰大多发生在H3、H4的 Lys 残基上。 甲基化-- 发生在H3、H4的 Lys 和 Asp 残基上，可以与基因抑制有关，也可以与基因的激活相关，这往往取决于被修饰的位置和程度。 磷酸化-- 发生与 Ser 残基，一般与基因活化相关。 泛素化-- 一般是C