分子模拟相关技术在高分子科学中的应用.ppt

从Build下Build Polymers中选择Random Copolymer。 无规共聚物对话框与嵌段共聚物对话框相类似 5. 建造分叉枝晶聚合物 步 骤： ① 从Build的Build Polymers下选择Dendrimer，弹出相关对话框 ② 在Seed中选择种子，作为聚合物生长的核心，在Repeat Unit部分指定重复单元，在Number of generations部分可以指定层的数目 ③ 按下Build按钮可以得到相应的聚合物 1. 剪切表面 导入一个想要剪切的纯鉑晶体表面，导入后打开Build菜单Surface下 的Cleave Surface命令 七、将分子对接到表面 Pt（1,1,1）面 2、构造超晶胞 从Build菜单Symmetry选择SuperCell命令 3. 加入一个真空片层 从Build的Crystal中选择Build Vaccum Slab 4. 将分子定位到表面上 构造一个甲烷小分子，将其放置到表面上，采用CPK显示模式 课堂练习 1：双酚-A型环氧分子 2: PAA单体分子结构 3: 建造聚氯乙烯均聚物（聚合度为15） 4: 建造聚四氟乙烯均聚物（聚合度为20） 八、聚合物与金属氧化物表面的相互作用 目标：介绍如何计算聚合物与金属氧化物表面的相互作用。包括构建一个无定形聚合物和金属氧化物表面，并且通过分子动力学模拟来计算相互作用能 模块：Material Visualizer，Amorphous Cell、Discover 背景：聚合物表面和接触面的相互作用对于粘合剂、涂料、隐形眼镜、胶片、润滑剂等产品非常关键，研究者所感兴趣的性质包括与体相有所区别的接触面或者界面的结构，表面张力、润湿以及粘附的化学/力学机理。 步 骤： 1. 构造表面 2. 优化表面 3. 增大表面面积并改变周期性 4. 聚合物建模 5. 使用分层模建工具将聚合物加到表面上 6. 运行动力学计算 7. 计算相互作用能 Einteraction=E总-（Esurface + Epolymer） 1. 构造表面 导入Al2O3晶体 剪切表面（0 1 2）面 2. 优化表面 需要优化表面，采用Discover模块的Minimizer。 在项目管理器中出现新的文件夹，名称为Al2O3（0 1 2）Disco Min 。 计算大约需要不到1min就可以完成。完成后，能量最小化的结构将保存在 Al2O3.XSD文件中，并出现在文件夹顶部。 Al2O3（0 1 2）的能量最小化的结构 2. 绘制双酚A型环氧分子 3. 绘制对二乙炔基苯 4. 绘制双环戊二烯 5. 绘制吡啶分子 步 骤： ① 首先绘制一个芳香结构的六元环 ② 打开View菜单Explores下的Properties Explores管理器，在工作区选择某一碳原子，在管理器中将该原子的元素符号从C改变为N③ 使用工具栏上的Sketch Atom按钮，为这个分子加入一个氯原子取代基 ④ 为分子自动加H并进行整理 6. 绘制碳纳米管 步 骤： ① 选择CNTs模型（一个晶格）（File-import-structures-nanotubes） ② Build- Symmetry- Supercell- C:10 ③ Build- Symmetry-Non-Periodic Superstructure (取消周期边界条件) ④ 为分子自动加H并进行整理 四. 处理分子晶体：尿素 步骤： 1.打开分子晶体文档 Import: MS Modeling3.2/Data/Examples/Documents/3D Model/Urea.msi 2、 计算氢键 从菜单中选择Build/Hydrogen bonds 3、调整晶胞显示的范围 在Display style的lattice栏，将Display部分沿X Y Z方向的最大晶胞数（Max）改为2.0，得到一个2×2×2的尿素晶体。 4、改变晶胞显示风格 在lattice栏中，选择None，关闭对话框，将去掉晶胞边界线。 5、检测结构中氢键连 旋转结构观测氢键网络。使用键盘的上、下、左、右键头按照45°为单位进行旋转。 五、 建立Alpha石英晶体 1、 建立Alpha石英晶体 步骤： ① 在一个新的3D文档中，从Build菜单选择Crystal下的Build Crystal 会打开相关的晶体建模对话框。在Space Group栏中，选择Enter Group，输入P3221，并且按下Tab键进行确定。 ② 在Lattice Parameters栏中，在相应的地方可以输入Alpha石英的a和c晶胞参数为a=4.910 c=5.402 ③ 按下Build按钮，一个空的晶胞就会出现在文档中。 2、加入硅原