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分子生态学研究现状和发展趋势 生态学经历了一个半世纪的发展，已经形成了比较完整的学科结构和成熟的理论体系。一般认为，生态学是以个体、种群、群落、生态系统为中心的宏观生物学，其特有的研究对象包括种群、群落、生态系统和生物圈等。因此，按其研究对象可分为个体生态学、种群生态学、群落与生态系统及其以上水平的生态学。分子生物学是研究生命活动的大分子如蛋白质、核酸的科学。在短短的几十年中，分子生物学取得了辉煌的成就，已引起了整个生物科学的革命，在分子水平上阐述生命现象的发生、发展机理已成为生物学家们共同关注的目标。采用分子生物学的研究方法和研究成果来阐述生态规律的分子机理，进而产生了一门崭新的学科—分子生态学(Molecular Ecology)。目前，分子生态学已成为当前国际生物学的研究热点之一，是生态学研究的新领域。 1分子生态学的概况 1.1 分子生态学的产生和发展 1966年，Harris首次把同工酶分析用于人类，Richardson等出版的“等位酶电泳—动物系统学和种群研究手册”，被认为是分子生态学的雏形。1976年，Avise、Lansman等第1次将线粒体DNA的分析方法应用于自然种群的研究，被看作是分子生态学的首次工作。在随后的几十年里，无论是在基础理论还是在应用技术方面的分子生态学研究均取得了突飞猛进的发展。1992年，英国生态学会主办的国际性刊物《分子生态学》(Molecular ecology)的创刊成为分子生态学诞生的主要标志[1]。 1.2 分子生态学的概念 Hoelzel认为，分子生态学是以DNA和蛋白质的特征为基础，研究物种的进化、演化及种群生物学的科学[2]。Burke在《分子生态学》的创刊号首卷的社论中解释了分子生态学的概念，认为分子生态学是分子生物学与生态学有机结合的一个很好的界面[3]。向近敏认为，分子生态学是研究细胞内生物活性分子与其分子环境关系的科学[4]。而目前较为一致的看法是：分子生态学是生态学的微观研究层次与领域，它利用分子生物学原理、方法和技术，来研究生命系统与环境系统相互作用的机理及其分子机制的科学，从分子水平探讨生物与环境的关系［1］。 1.3 分子生态学的研究对象和研究内容 分子生态学主要涉及分子种群生物学、分子环境遗传学和分子适应3个方面的问题，在技术上主要有用于物种鉴定的分子技术、新探针的构建以及用于种群研究的基因序列分析和引物设计以及探讨基因工程产物的环境适应性和投放环境后所引起的物种与环境互作、物种之间互作、种内竞争等方面的生态效应等重要领域。实际上分子生态学不是简单的分子技术在生态学问题中的应用，其研究内容还远不止于此。 2分子生态学的研究现状 2.1 分子生态学研究途径和技术手段 分子生态学的方法分为两大类，即属于DNA层次的研究方法和蛋白质层次的研究方法。蛋白质层次的研究多采用多位点等位酶为指标，DNA层次的主要研究对象是线粒体DNA、叶绿体DNA、核糖体DNA及基因组DNA。 2.1 等位酶指一定基因位点上不同的等位基因编码的酶。等位酶分析技术是分子生态学研究中重要的技术手段。等位酶分析技术基本步骤是按个体提取具有活性的酶，然后电泳、染色。为正确解释等位酶谱带，通常要了解每一种等位酶变异的遗传基础，这需要至少分析10-20个独立分离的多态性位点，才能达到统计的可信度。等位酶技术操作相对简单，花费少，统计方法标准。等位酶分析对一些普遍理论的提出作出了重要贡献，如自然种群的遗传维持、性别的进化意义、在适应性进化中基因的角色、种群地理结构的起源以及遗传多样性的生态学意义等。采用蛋白质电泳获得多位点等位酶图谱是分子生态学研究中最有价值的资料之一。但对于一些狭域分布的地方种群，往往缺乏多态性的位点，无法进行等位酶分析；另外，由于酶自身容易失活等特性，使得该技术在实际应用中具有一定的局限性。 2.1. 随着分子生物学技术的迅速发展，DNA分析技术成为生态学家的必然选择。DNA相对于等位酶而言，有更丰富的变异，至能够提供区分个体的特异性“指纹”（fingerprint），同时试验材料易于获得，从化石到活体材料都可以用，且所需材料微少。 DNA通常分2种类型，即核DNA和细胞器DNA。前者亦称为基因组DNA，多适宜于种群内的研究；后者相对保守，主要用于研究种间系谱关系。细胞器DNA多为母系遗传，为研究母系血亲关系提供了可能途径［5］。DNA分析技术与等位酶技术相比较复杂，其基本过程包括：DNA提取、限制性酶切、PCR扩增、分子杂交、基因文库构建、DNA测序或指纹谱带测定等。归纳起来主要有以下几种DNA技术，即限制性片段长度多态性(RFLPs)、随机扩增多态性DNA标记(RAPDs)、可变数目串联重复(VNTRs)以及简单重复间序列标记(ISSR)和DNA测序(DNA sequenc