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蛋白质三维结构分析 蛋白质结构的层次 一级结构 二级结构 超二级结构 结构域 三级结构 四级结构 一级结构 （初级结构） 组成蛋白质的氨基酸残基的排列顺序。 tdliaeehdytiygeelkfgggktlregmsqsnnpskeeldliitnalivdytgiykadigikdgkiagigkggnkdmqdgvknnlsvgpatealageglivtaggid 二级结构 蛋白质的二级结构是指多肽链中沿一个方向排列成具有周期性结构的构象，它是蛋白质多肽主链中有规则的重复构象。 蛋白质的二级结构类型 a螺旋 b折叠 转角 无规卷曲 a螺旋 每一个残基的C=O氧原子与其后第四个氨基的 N-H氢原子形成氢键。 I，i+4 平均每圈3.6个残基，氢键环的原子数13个。 侧链向外。 二面角特征：?=-60o，?=-50o b折叠 折叠片（sheet）与折叠股（strand）： 由多肽链上不连续的区域-折叠股strand组成，邻近折叠股主链之间的C=O氧原子与 N-H的氢原子形成氢键， b折叠通常由5-10残基组成。 转角turn 肽链主链呈180度 回折。常出现在大 的环或连接结构中。 又称为U型结构。 转角结构也是由主 链的N-H与C=O形 成氢键而稳定构象的。 ?-转角： 由连续4个残基组成， 第一个残基的主链的C=O 与第四个残基的主链N-H形成氢键。 ?-转角：由连续3个残基组成，由两对氢键维持。 蛋白质的结构域 domain 蛋白质的多肽链盘曲折叠为空间上可以区分的几个球状部分。 结构域大约为40-400个氨基酸。大小相当于直径为2.5-3.5 nm的球体。 蛋白质分子可由一个或多个结构域组成。 多结构域蛋白质的各个结构域可能相似也可以完全不同。 两个结构域之间一般有明显的颈部或凹部。 蛋白质的结构域 domain 结构域是蛋白质的 独立折叠单位。 一个外显子=一个结构域？ 发现免疫球蛋白G的12个外显子大致对应12个结构域。 蛋白质的三级结构 蛋白质中肽链的所有原子在空间的排列方式。空间结构、三维结构。 多数情况下，所说的蛋白质结构就是指蛋白质的三级结构。 多种表示方式。 ATOM 48 OE2 GLU A 38 11.383 15.099 0.146 0.01 42.95 O ATOM 49 N THR A 39 15.478 16.860 4.385 0.00 34.74 N ATOM 50 CA THR A 39 15.875 17.797 5.430 1.00 34.22 C ATOM 51 C THR A 39 16.777 17.240 6.528 1.00 33.68 C ATOM 52 O THR A 39 17.173 17.975 7.435 1.00 33.71 O ATOM 53 CB THR A 39 14.629 18.431 6.085 1.00 34.76 C ATOM 54 OG1 THR A 39 13.792 18.984 5.061 1.00 35.54 O ATOM 55 CG2 THR A 39 15.028 19.556 7.047 1.00 35.40 C ATOM 56 N GLY A 40 17.117 15.956 6.446 1.00 33.13 N ATOM 57 CA GLY A 40 17.966 15.356 7.467 1.00 32.35 C ATOM 58 C GLY A 40 17.194 15.107 8.754 1.00 31.77 C ATOM 59 O GLY A 40 17.774 14.924 9.834 1.00 31.81 O ATOM 60 N THR A 41 15.871 15.094 8.632 1.00 31.14 N AT