蛋白质结构计算机模拟和化学位移分析的新方法-生物信息学专业论文.pdf.docx

，，，，，，一，，，，一甲一一·叩，，，翻一’·砚，，一一，，，，the two approaches showed that the TALOS method may suffer from the existence of a small number of abnormal members in the predefined dat缸et used for prediction.5第 一 章综 述分 子 动 力 学 模 拟，自从年 第 一 个 对 于 蛋 白质的 分 子 动 力 学 模 拟被 报 道 以来。，生 物 大 分 子 的 分 子 动 力 学 模 拟 方 法 已 经 整 整 发 展 了年 的 时 间在 这年 的 时，，间 里无 论 是 在 模 拟 算 法 和 力 场 参 数还 是 在 模 拟 体 系 的 大 小模 拟 时 间 的 长 短，。上都 取 得 了 巨 大 的 进 步这 些 进 步使 得 计 算 机 模 拟 技 术 成 为 了 除射 线 晶 体。，学 方 法 和 核 磁 共 振 波 谱 学 方 法 外 又 一 个 研 究 蛋 白质 结 构 和 功 能 关 系 的 重 要 工 具，通 过 对 生 物 大 分 子 的 模 拟一 方 面 我 们 可 以 从 原 子 水 平 上 解 释 实 验 现 象 和 结 果。另 一 方 面 我 们 可 以得 到 一 般 实 验 无 法 获 得 的 微 观 信 息分 子 力 场。分 子 力 学 模 型 是 从 量 子 力 学 模 型 简 化 得 到 的根 据一近 似，，，由于 电子 的 质 量 远 小 于 原 子 核 的质 量可 以 认 为 电子 能够 根 据 原 子 核 的位 置 的 变，化 迅 速 的调 整 自己 的 位 置因 此 原 子 核 和 电 子 的运 动 就 可 以 分 为 独 立 的 两 步而。，分 子 的 能 量 就 可 以看 成 是 只 与 原 子 核 的 位 置 有 关 的 函 数这 样 就 得 到 了 分 子 力 学。，。，模 型在 分 子 力 学 模 型 中每 个 粒 子 通 常 代 表 一 个 原 子有 时 也 可 以代 表 一 个 非，极 性 基 团例 如 甲 基 基 团从 理 论 上 来 说分 子 力 学 中体 系 的 能 量 应 该 等 于 对 同，，样 的 体 系 在 量 子 力 学 中在 各 种 电 子 构 象 下 的 平 均 能 量但 在 实 际 上 显 然 不 可 能 计。算 这 个 平 均 能 量通 常 体 系 的 能 量被 经 验 性 的 划 分 为 若 干 个 能 量 项每 个 能 量 项。用 一 个 简 单 的 函 数 形 式 来 表 示其 一 般 的 形 式 为一 艺 凡一山咖艺 凡一十，， 尹咨一 氛 ，凡“一 凡苗 动旧，， ，二 式尺。艺阴 刀八 沪胃 叮弓廿 —“芍十 ，二 二 一 一 气尸夕‘，。，等 号 右 侧 的 六 项 分 别 描 述 了 化 学 键 的 伸 缩键 角 的 弯 曲二 面 角 的 旋 转二 面 角，，，的 弯 曲范 德 华 相 互 作 用 和 静 电相 互 作 用前 四 项 合 称 为 成 键 相 互 作 用除 了 二，一，面 角 的 旋 转 采 用 了 三 角 函 数 叠 加 的 形 式 来 描 述其 他 三 项 都 使 用 了 谐 振 势 的 形。，，式后 两 项 合 称 为 非 键 相 互 作 用范 德 华 相 互 作 用 用势 来 表 示。而 静 电相 互 作 用 用 库 仑 相 互 作 用 的形 式 来 描 述这 些 函 数 形 式连 同 它 们 相 关 的，。参 数统 称 为 分 子 力 场现 在 常 用 于 研 究 生 物 大 分 子 的 分 子 力 场 主 要 有一和一， ，，，一，，它 们 都 采 用 了，，公 式的 形 式 来 描 述 分 子 能 量只 是 在 实 现 上 有 些 细 微 的 差 别。，，建 立 一 个 复 杂 的 分 子 力 场不 仅 仅 是 确 定 能量 函 数 的形 式还 要 优 化 这 些 函。，，数 中所 需 的参 数而 优 化 参 数 就 必 须 选 择 恰 当 的 目标 数 据其 中包 括 实验 结 果 和。，量 子 力 学 对 模 型 分 子 的计 算 结 果在 早 期 的分 子 力 场 中实验 结 果 相 对 比 较 缺 乏，，因 此 只 用 来 确 定 键 长键 角 的 理 想 值其 他 的 参 数 尤 其 是 静 电相 互 作 用 的 参 数 都。，以量 子 力 学 的 计 算 为 目标 进 行 优 化由 于 当 时 计 算 能 力 的 限 制量 子 力 学 也 只 能。采 用 在 较 低 的 级 别 对 较 小 的 分 子 在