唐古特白刺果实发育的差异表达基因分析及ntufgt基因的克隆和功能研究-植物学专业论文.docx

内蒙古大学博士学位论文 摘要唐古特白刺果实发育的差异表达基因分析及NtUFGT基因的克隆和功能研究 摘要唐古特白刺(Nitraria tangutorum Bobr．)隶属于蒺藜科(Zygophyllceae)白 刺属(Nitraria L．)，是一种典型的荒漠植物，具有显著的抗干旱、盐碱和高温的特性，在维持荒漠生态系统平衡方面具有举足轻重的作用。除了重要的生态价 值，其果实作为荒漠、干旱地区少有的浆果状核果，还具有巨大的潜在经济价 值。但是由于缺乏遗传信息，目前针对唐古特白刺的研究仍主要集中在形态分 类、生理生态学特性和化学成分的分离及鉴定等方面。尤其是对其果实发育和 成熟过程中的调控机制以及营养物质的合成的分子机理的研究还很欠缺。本研 究以唐古特白刺果实为实验材料，利用RNA—Seq技术对其进行转录组测序，搭 建唐古特白刺果实的遗传信息平台。通过对不同发育时期的果实进行表达谱数 据分析，获得大量与果实发育和营养物质合成相关的差异表达基因，为将来研 究唐古特白刺果实发育过程和物质代谢的分子机理奠定了基础。主要研究结果 如下：1．本研究首次运用RNA—Seq技术对唐古特白刺果实进行转录组测序，通过 de novo组装最终获得69，306条Unigene，平均长度587 bp，搭建了该植物果实 的遗传信息平台。对这些基因的功能进行注释，分别有42，929、26，809、33，363、1 5，537和24，592个Unigenes注释到NCBI Nr、Swiss—Prot、GO、COG和KEGG数据库。万方数据内蒙古大学博士学位论文 摘要2．在转录组测序的基础上对唐古特白刺果实的发育过程进行数字基因表达 谱分析，发现SI VS．S2有8,240个差异表达基因(DEGs)；S2 w．S3有4,994个 DEGs；S 1 VS．S3有5,985个DEGs。对S 1 w．S2、S2 VS．S3和S1 w．S3进行GO 功能富集分析发现，分别有50，171、28，071和32，891个DEGs富集到59、58和 58个GO term里。KEGG代谢通路富集分析发现，分别有6、8和34个显著富 集的Pathway出现在S 1 VS．S2、S2 VS．S3和S 1 VS．S3比较中。3．筛选出28个与植物激素相关DEGs，进行表达模式聚类分析，将这些基 因分成了4组。其中最大的一组为Group 2，包含21个DEGs，表现为从S1到 S2下调表达，S2到S3上调表达。其余3组仅含有7个DEGs，表明在唐古特白刺果实发育过程中，大多数植物激素相关的DEGs表达在发育初期和末期较高， 而在中期较低。4．筛选出61个与转录因子相关的DEGs，进行基因表达模式聚类分析，将 这些基因同样分成了4组。其中最大的一组为Group 1，包含42个DEGs，表现 为从果实发育的S1到S2时期基因下调表达，从S2到S3时期上调表达。另外， Group 3包含9个DEGs，Group 4有6个DEGs，而Group 2仅有4个DEGs， 所含的差异表达基因均较少。可见大多数转录因子都聚类到Group 1，其表达模 式与植物激素类似，即在果实发育的初期和末期基因的表达较高，而在中期较 低。5．筛选出16个与植物次生代谢产物黄酮合成相关的DEGs和7个RPKM／100的高表达黄酮合成途径基因。对这些基因的表达模式进行聚类分析，发现黄 酮合成途径上游的3个基因PAL、C4H和4CL均表现为随着果实的发育进程表 达水平逐渐降低，其在果实发育初期的高表达可能为果实成熟时黄酮类物质的万方数据内蒙古大学博士学位论文 摘要合成积累了底物。该途径中游的3个基因CHS、CHI和乃月的表达模式差异较 大，可能导致形成不同种类的黄酮类化合物。黄酮合成路径下游仅发现1个差 异表达基因乃H(CL7210．Conti91)，该基因编码的酶催化形成矢车菊素，这可 能是唐古特白刺果实中矢车菊素含量高的原因。6．克隆了一个含有1，407 bp ORF的唐古特白刺花青素合成基因NtUFGT。 利用在线分析工具及生物信息学软件对该基因的二级结构、亚细胞定位、信号 肽、蛋白跨膜结构域和亲疏水性等特性进行了预测。构建了该基因的植物表达 载体，并成功转入拟南芥中，筛选获得了转基因拟南芥T3代纯合植株。通过对 转基因植株进行UV-B胁迫处理发现，随着胁迫时间的增长，转基因拟南芥中花 青素的含量高于野生型拟南芥，并呈现增长的趋势。而原花青素的含量则随着 处理时间的增长，呈现降低的趋势，并低于野生型拟南芥。7．测定了唐古特白刺果实不同发育时期的淀粉、蔗糖、葡萄糖和果糖的含 量，以及蔗糖代谢相关酶SS、SPS、AI和NI的活性，分析了唐古特白刺果实不 同发育时期这几种糖的含量变化以及酶活性的变