Spdbv(DeepView)简介.pdfVIP

DeepView 简介 张晶 DeepView 简介 DeepView ( 曾经叫做 Swiss-PdbViewer), 也叫 DV 或 SPV ，是一种界面友好， 基于计算机应用，功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服 务器的 ExPASy 设计的，生物学家可以通过英特网从该服务器免费获得。 一． Overview Swiss-Pdb Viewer 又叫 Deep View. 它的功能如下： a.显示和分析生物大分子（protein ）的结构与图解； b.给予一段氨基酸序列，从头建立蛋白质结构模型 c.找出并显示蛋白质中、蛋白质间、基团间的氢键 d.通过检晶仪检测电子密度图，判断电子密度图谱和模型的质量，从而可以确 定蛋白质模型中许多普通类型的缺陷； e. 同时显示分析多个蛋白质的3D 结构和序列； f.计算氨基酸残基的静电力和分子表面携带的最小自由能。 g.对序列已知结构未知的蛋白质，Deep View 会将氨基酸序列递交给 ExPASY , 通过找到同源序列进行比对，将比对结果通过 ExPASY 递交给 Swiss Model， 做出同源模型。 二． Getting Started 载入一个蛋白质分子的方法有以下几种 a.可以直接在菜单 file→open PDB file b.也可以在打开 PdbViewer 之后再直接把 pdb 文件拖进去即可 c.另外也可以通过快捷键 ctrl+o 打开 pdb 文件 d.在菜单 file 最下面的最近使用的 pdb 文件中直接打开 e.在菜单 file 中点击 Import, 出现对话框，在 Name 栏中键入 PDB ID ，如 “1HEW”，点击“Grab from SERVER ”下面的“PDB File ”，模型就会以 棍状形式出现。从这里我们可以看出，载入一个蛋白分子，不仅可以使用 PDB ID,还可以使用 ExPDB ID, SwissModel 中的编号，Uppsala EDS 中的电 子密度图编号，pubchem CID ，Uniprot 和 GenBank 中的序列号等。 具体如下图： DeepView 简介 张晶 保存 PDB 文件 a. 可以通过 file→Save→ Current Layer(Ctrl+S)保存在显示窗口活动的蛋白 分子的 PDB 文件。 b. Project(shift+ctrl+S)保存所有同时打开显示的蛋白质分子。 c. Save selected residues of Current Layer 保存被选择的氨基酸残基。 d. 还可以保存蛋白序列的 fasta 格式和当前蛋白质的图像。 e. 保存不同蛋白间的序列比对结果。 f. 同时可以修改默认的参数以更好的显示分子图像。 见下图： DeepView 简介 张晶 DeepView 简介 张晶 三． Windows and Help 在 windows 下有如下各种功能:control panel, layers infos, alignment,等，下面以斑 头雁与人的血红蛋白的序列为例，来介绍 windows 这些选项卡的功能。 (一) Control Panel Control Panel header 当前显示的分子 第一行是控制当前活动分子的