分子结构模型的构建及优化计算.docVIP

分子结构模型的构建及优化计算 一、目的要求 1．掌握Gaussian09W 和GaussView5.0程序的使用。 2．掌握构建分子模型的方法，为目标分子设定计算坐标。 3．能够正确解读计算结果，采集有用的结果数据。 二、实验原理 量子化学是运用量子力学原理研究原子、分子和晶体的电子结构、化学键理论、分子间作用力、化学反应理论、各种光谱、波谱和电子能谱的理论，以及无机、有机化合物、生物大分子和各种功能材料的结构和性能关系的科学。 Gaussian09W程序是目前最普及的量子化学计算程序，它可以计算得到分子和化学反应的许多性质，如分子的结构和能量、电荷密度分布、热力学性质、光谱性质、过渡态的能量和结构等等。GaussView5.0是一个专门设计的与Gaussian09W配套使用的软件，其主要用途有两个：构建Gaussian09W的输入文件；以图的形式显示Gaussian09W计算的结果。本实验主要是借助于GaussView5.0程序构建Gaussian09W的输入文件，利用Gaussian09W程序对分子的稳定结构和性质进行计算和分析。 三、软件与仪器 1．软件：Gaussian09W、GaussView5.0计算软件 2．仪器：计算机1 四、实验步骤 H20: 1. 分子的最稳定结构 打开GaussView5.0程序，在GaussView5.0中利用建模工具（View→Builder→），在程序界面元素周期表的位置处找到所需的氧、氢元素，单击即可调入该元素与氢元素的化合物。 绘制出水分子的结构式后，把图形保存成.gif文件（File→Save，取名为 1H2O.gif） 构建分子成功后，可以利用GaussView5.0查看分子的对称性和坐标。从Edit→point group路径可以查看所构建的分子点群；从Edit→atom list 路径可以产看所构建的分子内坐标和直角坐标。用记事本打开刚才保存的1H2O.gif，把计算方法及关键词改为 #p HF/6-31G(d) opt (maxcycle=300) freq, 并对题目进行修改，再保存。 采用Gaussian 09W程序进行几何优化及频率计算。打开计算数据文件，File→ Open→指定文件，点击开始运算。分子结构的计算结果文件保存为相应的out 文件。计算过程中，主程序窗口不断显示计算进程，当“Run progress”栏内显示“Processing Complete”时，计算已完成，此时在本窗口底部可以看到“Normal termination of Gaussian…”字段。完成计算后，关闭Gaussian 软件窗口。 2. 分子的性质 用GaussView5.0打开1H2O.out，并保存成1—1H2O.gif. 在用记事本打开1—1H2O.gif，把计算方法及关键词改为#p HF/6-31G(d) pop=full，保存。使用Gaussian09W软件打开刚才修改后保存的gjf文件，在Route Section 行中进行分子优化及频率计算，得到该分子的性质。 3. 展示优化的稳定分子结构 采用Gauss View5.0软件可观测分子的构型。用GaussView5.0程序打开计算得到的数据文件*.out，利用主窗口中的“Modify Bond”、“Modify Angle”和“Modify Dihdral”工具，借助鼠标即可显示分子中特定键长、键角和二面角的几何参数。记录个分子优化后的结构参数，其中键长保留三位小数，单位为埃（?）；键角和二面角保留一位小数，单位为度（°）。 利用相同的方法分别对CH4、乙烯、乙醛进行优化计算。注意：在构建乙烯、乙醛时需要用： 五、注意事项 1．利用GaussView5.0搭建分子模型后，一定要注意检查分子的对称性，体系的对称性直接影响着下面的计算。 2．图形文件保存成gjf 文件时，注意文件名和路径都不能包含中文字符。 六．数据记录与处理 ( H20 ) ( CH4 ) ( 乙烯 ) （ 乙醛 ） H20 CH4 C2H4 CH3CHO 键长1O-2H 0.94741 1C-2H 1.08366 1C-2H 1.0762 1C-4H 1.08665 1C-3H 1.08150 1C-4H 1C-3H 1C-2H 1.08666 1O-3H 1C-3H 4C-5H 1C-5C 1.50414 1C-5H 4C-6H 5C-7H 1.09521 4C-1C