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第十章 微生物系统进化与分类 * 界、门、纲、目、科、属、种 种是最基本的分类单位 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 一、通用分类单元 * 以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是： 界(Kindom)：真菌界 门(Phyllum)：真菌门 纲(Class)：子囊菌纲 目(Order)：内孢霉目 科(Family)：内孢霉科 属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母 * 1 种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。 根据16SrRNA序列分析，同源性97%的两个原核微生物很可能是同一个种。 典型菌株、模式种。 2 菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。 例如：Escherichia coli B 和Escherichia coli K12 * 3 亚种(subspecies）： 当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。 变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不再使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为变种。如：E.coli k12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.coli k12的变种。 4 型(form): 常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。 例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型。 * （一）生物的界级分类学说 动物界 植物界 林奈 动物界 植物界 原生生 物界 Haeckel 植物界 动物界 原始生 物界 菌界 Copeland 植物界 动物界 原核生物界 原生生物界 真菌界 Whittaker 五界上 加上病 毒界 王大耜 细菌域 古生菌域 真核生物域 美国 Woese 二、微生物在自然界的地位 77 * 病毒界 动物界 植物界 真菌界 原核生物界 原生生物界 微藻类 原生动物 细菌 古细菌 放线菌 衣原体 支原体 立克次氏体 螺旋体 蓝细菌 病毒 亚病毒 朊病毒 * 生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统 三原界系统是1978年 由R.H.Whittaker和L.Margulis提出的。 所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形成了三个原界：古细菌原界（Archaebacter）、真细菌原界、真核生物原界 提出了内共生学说 * 三原界系统示意图 * * 三、各大类微生物的分类系统纲要 原核生物分类系统纲要——伯杰氏系统细菌学手册 真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。 * 《伯杰氏手册》简介 美国的《伯杰氏鉴定细菌学手册》编写者集国际学术界的权威学 者，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳作。 第一版1923年出版，后一直再版至今，先后修订出版了11个版本，1974年出版了第八版，1994年已出至第九版，由于G+Cmol%测定、核酸杂交和16SrRNA寡核苷酸序列测定等新技术和新指标的引入，使原核生物分类从以往以表型、实用性鉴定指标为主的旧体系向鉴定遗传型的系统进化分类新体系逐渐转变，现书名已改为《伯杰氏系统细菌学手册》，（Bergey’ Mamual of Systematic Bacteriology），简称《系统手册》 20世纪初德国Lehmann和Neumann的《细菌分类图说》 前苏联克拉西尔尼可夫的《细菌与放线菌的鉴定》