CH2 蛋白质组与蛋白质组学（2011）.pptVIP

第二章 蛋白质组与蛋白质组学 河南科技学院 牛立元 蛋白质组学(proteomics)是研究蛋白质组成及其功能网络的科学。一般认为蛋白质组学是研究蛋白质组或应用大规模蛋白质分离和识别技术研究蛋白质组的一门学科，是对基因组所表达的整套蛋白质的分析。 Proteomics 通过对细胞内蛋白质组成种类、丰度、功能变化及与细胞或生物个体机能变化相互联系的分析，揭示细胞或生物生命活动规律。 研究内容主要包括四个方面： 一、蛋白质组的基本概念和历史 表达蛋白质组学 特定的细胞、组织或器官合成的蛋白质种类、丰度及功能，关键技术 2-D电泳等。 结构蛋白质组学 蛋白质的序列和高级结构，AA序列分析、X-射线衍射分析、多维核磁共振波谱分析。 细胞图谱蛋白质组学 蛋白质的胞内分布及移位分析，确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。 功能蛋白质组学 蛋白质的功能模式，蛋白质与蛋白质及其与其他分子的相互作用。 2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大会。2011年4月在浙江杭州召开了第七届中国蛋白质组学大会。2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。我国在鼻咽癌、白血病、肝癌和肺癌蛋白质组研究方面取得了较大的进展。 蛋白质组的确定？ 1，蛋白质组的完整性： ——基因组内基因（或ORF）数量？ ——基因表达？ 2，蛋白质组的测定： ——修饰蛋白质的判据？ ——蛋白质的动态变化（降解或转运）？ 荧光差异染色 利用两种不同的荧光染料如Cy3（绿光）和Cy5（红光）分别对从对照和处理材料提取的蛋白质进行标记、混合、混合样品进行蛋白质双向电泳分离，分别以两种不同的激光去激发扫描生成两种不同的彩色图像，然后再将两者叠加，根据电泳斑点所形成的颜色判断蛋白质的代谢变化。 黄色：没有差异 红色：上调 绿色：下调 2-DE技术的缺点： 极酸、极碱性蛋白质，疏水性蛋白质，分子量极大极小蛋白质以及低丰度蛋白质用此种技术难于有效分离。 胶内酶解过程费时、费力，难于与质谱联用实现自动化。 液相色谱法(liquid chromatography，LC); 毛细管电泳(capillary electrophoresis，CE); 液质联用技术（LC-MS/MS）. 同位素标记亲和标签方法 ?? Aebersold 和其合作者建立的一种同位素标记亲和标签试剂(isotopically coded affinity tag，ICAT)差异蛋白鉴定方法。 ICAT试剂的结构包含一个生物素头部、一个连接部分和一个碘激活的羰基基团，其中羰基基团能够特异性地与肽链中的半胱氨酸侧链反应，借助于生物素亲和标记将其抽提出来。 重同位素的形态与轻同位素的形态的差别相当于在连接区部分的8个氢原子被8个氘原子取代。 （1）两个蛋白质样品(细胞状态I和细胞状态Ⅱ)分别单独用d0–ICAT和d8–ICAT试剂标记； （2）混合、胰蛋白酶水解； （3）肽混合物用生物素—亲和色谱柱分析，含半胱氨酸残基肽被结合在柱上； （4）洗脱、串联质谱检测定量。 一对不同标记的肽几乎在相同的时间洗脱，可以通过两个距离为8 Da的质谱信号识别出来。 参考文献：同位素亲和标签(ICAT)系列技术及其在蛋白质组研究中的应用 肽质量纹鉴定法 Peptide Mass Fingerprinting (PMF）是目前蛋白质组研究中较为常用的鉴定方法．这一技术于1993年被多个研究小组分别独立提出。 肽质量指纹鉴定的依据：第一种蛋白质都有特定的氨基酸序列，被特定的蛋白质酶水解可以得到一套特定肽链片断（肽片段质量图谱）。由于每种蛋白质的氨基酸序列都不同，蛋白质被酶水解后，产生的肽片段序列也各不相同，肽片段质量图谱可用于蛋白质的鉴定。 由于在ESI条件下待分析物可能带上一个或多个电荷，而MALDI-TOF ( Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry, 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 )分析中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算。另外，由于MALDI-T