bac h0522a01序列测定和研究及水稻4号染色体物理图完善word格式论文.docxVIP

BAC H0522A01 序列测定和分析 及水稻 4 号染色体物理图完善 摘要 BAC 克隆 H0522A01约 97kb由探针 G293 定位 位于染 色体长臂下端 79.3cM 处 已经完成该克隆的序列测定 序列登陆 号 AL512542 通过组合软件包对该序列进行了分析 根据编码区 的分析结果将所有蛋白质大致分为 5 类 找到一个 ADF 基因 正在 对其进行功能性研究在该 BAC 测序过程中 尝试采用菌落 PCR 扩增 DNA 直接 用于测序的实验方法 与传统的测序过程进行了比较 它省去了抽 提模板 DNA 一步 具有耗时少 成本低等优点通过 BAC 末端测序 PCR 特异性扩增 Southern 杂交 酶 切分析等方法 同时进行了水稻两个亚种籼稻和粳稻第四号染 色体的物理图完善工作 利用杂交分析方法找到了上百个定位在水 稻四号染色体上的新克隆 以及一些原来游离在外没有任何定位信 息的重叠群Contig关键词水稻基因组,物理图,BAC 克隆,菌落 PCR,ADF 基因SEQUENCE AND ANALYSIS OF AN INDICA BAC CLONE H0522A01 AND REFINING OF THE PHYSICAL MAP OF RICE CHROMOSOME4ABSTRACTThe BAC clone H0522A01 was anchored by the genetic marker G293 at the site of the 79.3cM on rice chromosome4. As part of the effort to completely sequence the entire rice chromosome4, the sequence of the BAC clone was determined and submitted to the public database (Accession number: AL512542). Sequence analysis by using a combined tool of prediction programs was carried out in this BAC sequence. All the protein predicted was classified in 5 kinds. A gene named ADF (actin-depolymerizing factor) was identified and was selected in functional research.Colony PCR products were directly used for sequencingof the BAC clone. Comparing with the approach through the plasmid-template prepareations, the colony PCR method has some advantages in reducing costs and using less time for template preparations.The refined physical map of rice chromosome4 was also constructed by BAC end sequencing, southern blot, PCR and enzyme digest.KEYWORDS:rice genome, BAC clone, colony PCR, ADFgene, physical map一引言 基因组(genome)一词是由基因(gene)和染色体(chromosome)的两个英文单词 经缩写而成 最初是在 1920 年由 H.Winkler 提出的 它指的是一个生物体的全 部染色体和基因 1986 年 H.Roderick 第一次提出了基因组学的概念 其主要 内容指基因组作图和基因组序列的测定[1] 随着基因组学的发展 现在人们更 倾向于将基因组学分为两大部分 即结构基因组学和功能基因组学 后者是在 前者基础上提出的 结构基因组学主要包括遗传图 物理图的绘制和基因组序 列测定三个方面的内容 其最终的目标是基因组全序列的完全测定 到目前为 止 已经或接近完成的基因组包括多个细菌[2] 酵母[3] 线虫 [4] 果蝇 [5] 拟南 芥菜[6~8] 人的 20 号 21 号和 22 号染色体[9 10 11] 另外 水稻全基因组和人全基因组的工作框架于 2000 年底[12]和 2002 年 6 月相继完成[26]水稻(Oryza