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电子细胞中前体mRNA加工过程的模拟与研究 　　 文章编号:1001-9081(2012)01-0228-06 doi:10.3724/SP.J.1087.2012.00228 　　 　　摘 要:前体mRNA的加工是基因表达过程中必需的一个步骤，是调节基因表达和产生具有生化活性的蛋白质的重要机制，现有的电子细胞模型对前体mRNA的加工过程模拟得较少。自主开发设计的Analog-Cell电子细胞模型定义了反应过程中的反应规则，提出了模拟前体mRNA加工过程的多个算法，真实地再现了基因表达这一细胞内重要的生命活动，并得到了比较理想的模拟结果。 　　 　　?关键词:电子细胞；Analog-Cell；mRNA；生物信息学 　　?中图分类号: TP391.92 文献标志码:A 　　 ? 　　 ? 　　Abstract: The processing of pre-mRNA is one necessary step in gene expression, and it is an important mechanism to regulate the procedure of gene expression and produce the proteins which affect the life activities of cells. The existing electronic cell (E-Cell) models seldom relate to the simulation on the processing of pre-mRNA. The paper proposed an E-Cell model, named Analog-Cell, and reappeared realistically the procedure of gene expression through defining rational reaction rules and several algorithms which simulated the processing of pre-mRNA, thus Analog-Cell obtained recommendable simulation results. 　　 　　 Key words: Electronic Cell (E-Cell); Analog-Cell; mRNA; bioinformatics 　　 　　0 引言? 　　 　　细胞的基本生命活动涉及到巨大数量的不同分子及不同分子间的相互作用，使得这些过程变得异常复杂。生物学家需要对细胞的生命活动进行深入的了解，获得细胞生命活动每一个步骤的详细数据。为此日本、美国、欧洲以及中国的多所大学、研究所相继研制出电子细胞(Electronic Cell, E-Cell)［1-3］。电子细胞亦称虚拟细胞，是计算机科学和生命科学相结合的一门新兴学科，它应用计算机科学的原理和技术，通过数学的计算和分析，对细胞的结构和功能进行模拟、分析、整合和应用，以再现真实细胞的生命活动现象，为生物学家在计算机上进行实验提供了一个软件平台，并以此来发掘细胞中潜在的、未被发现的生命活动规律。? 　　细胞为了更好地利用基因组中包含的生物学信息，代表信息单位的各个基因必须协调表达。这种协调表达决定了细胞中蛋白质组的成分，从而决定了细胞的生化特征［4］。基因组表达为蛋白质组的过程主要分为转录、翻译两个阶段。在真核细胞中，第一个阶段转录的初始产物，即各种前体RNA多数都不具有生物活性，只有在细胞内进行加工处理后才具有生物活性［5］。该加工过程是对初级转录物进行加帽、多聚腺苷酸化(Poly(A)，即加尾)、RNA剪接等使之成为成熟的mRNA(messenger RNA)、rRNA(ribosomal RNA)或tRNA(transfer RNA)的过程。在现有的电子细胞模型中，对前体mRNA的加工过程模拟得较少。本文提出了模拟前体mRNA加工过程的多个算法，并在自主研制的国内第一个电子细胞图形模型Analog-Cell［6-8］中得到了较为理想的模拟结果。? 　　1 前体mRNA的加工? 　　真核细胞前体mRNA的加工一般要经过4个步骤：mRNA的5′端加帽、mRNA的3′端多聚腺苷酸化(加尾)、内含子剪接以及对某些碱基的修饰即RNA编辑等［4］。RNA编辑在真核细胞的前体mRNA中较为少见，且在生物学中该机制进化的原因尚不清楚［5］，所以本文不探讨RNA编辑这一加工过程，只对前三种前体mRNA的加工进行模拟和研究。前体RNA的加工过程如图1所示。? 　　 　　1.1 前体mRNA的5′加帽? 　　在转录起始以后，转录