新一代测序技术在感染性疾病领域的应用.PDFVIP

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2018-06-02 发布于天津
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新一代测序技术在感染性疾病领域的应用.PDF

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新一代测序技术在感染性疾病领域的应用

新一代测序技术在感染性疾病领域的应用陈唯军陈唯军 chenwj@genomics.org.cn chenwj@genomics.org.cn 中国科学院大学华大教育中心中国科学院大学华大教育中心中国科学院北京基因组研究所中国科学院北京基因组研究所国家突发公共卫生事件应急网络实验室国家突发公共卫生事件应急网络实验室北京市传染病网络实验室北京市传染病网络实验室主要内容主要内容  新一代测序技术介绍  未知病原体的发现  新发/再发疫情病原体变异与溯源传播   耐药性与毒力监测   减毒疫苗的质量监测  新一代测序技术平台（NGS ）新一代测序技术平台（NGS ）  Illumina :HISeq/Next500/MiSeq  Thermo :Ion Torent/Proton  BGI : CG500/CG1000  PacBio 等三代测序仪…? 平台最长有效读长有效数据量最少时间错误率 Illumia 250 bp 400 G 2 d 0.01-0.1% Life-Tech 150 bp 10 G 8 hr 1-5% BGI-CG 36 bp 1 T 3 d 0.01-0.001% PacBio 15 K 10 G 7 d 15-20% 如何合理的选择技术平台如何合理的选择技术平台  时效性: 应急疫情?  时效性: 应急疫情?  准确度: 疫情溯源\疫苗监测?  准确度: 疫情溯源\疫苗监测?  经济性: 技术路线的选择与研究目的适应性 ?  经济性: 技术路线的选择与研究目的适应性 ? NGS在感染性疾病领域的主要应用 NGS在感染性疾病领域的主要应用  未知病原体的发现  新发/再发疫情病原体变异与溯源   耐药性与毒力监测   减毒疫苗的质量监测  发现未知病原体的困难发现未知病原体的困难 • 哪些病原体应该被筛查?(对不典型的疾病症状或者 • 哪些病原体应该被筛查?( 罕见病,我们可能错误的筛查了一大堆其他病原体) • 新病原体 (对全新的新发病原,没有特异检测手段) • 新病原体对于新病原,其发现非常困难 HBV: 47?-66； HCV: 60S-8 ； HIV:70S-1983； SARS:2002-2003(3m all world) ； FTLS-novel Bunyavirus (07-10) ； MERS: 2012年4月-2012年月;